#!/bin/bash

echo "Removing data files that msa cannot handle ..."

cd ref1/test3
pwd
rm -f 1pamA*
cd -

cd ref2/test
pwd
rm -f 1cpt*
rm -f 1sbp*
rm -f 2myr*
rm -f 2pia*
rm -f 3grs*
rm -f 4enl*
rm -f kinase*
cd -

cd ref3/test
pwd
rm -f 2pia*
cd -

cd ref4/test
pwd
rm -f 1au7A*
rm -f 1dynA*
rm -f 1pfc*
rm -f 1vln*
rm -f kinase1*
rm -f kinase2*
cd -

cd ref5/test
pwd
rm -f 1eft*
rm -f 1pysA*
rm -f 1thm1*
rm -f 2cba*
rm -f S51*
rm -f kinase2*
cd -

cd ref6/test
rm -f lrr_ref6.*
cd -

cd ref6/test_2a
rm -f lrr_1_ref6.*
rm -f lrr_2_ref6.*
rm -f lrr_3_ref6.*
cd -

cd ref6/test_2b
rm -f lrr_1_ref6.*
rm -f lrr_2_ref6.*
cd -

cd ref6/test_2c
rm -f lrr_1_ref6.*
rm -f lrr_2_ref6.*
cd -

cd ref6/test_3
rm -f lrr_ref6.*
cd -

cd ref6/test_4
rm -f lrr_1_ref6.*
rm -f lrr_1_ref6_centre*
cd -

echo "done."
