Filename: ref2/test/1aboA_ref2.msf
Score details:
Alignment: ref2/test/1aboA_ref2.msf Score (DiffScore)= 3846
   0 sc=       0   -   . . . . . . . . . R . . . . . 
   1 sc=       1   -   . . . . . . . . . R . . . . . 
   2 sc=       0   -   . . . . . . . . . S . . . . . 
   3 sc=       1   -   . . . . . . . . . F . . . . . 
   4 sc=       1   -   . . . . . . . . . Q . . . . . 
   5 sc=       3   -   . T . . . . . . . E . . . . . 
   6 sc=      26   -   . A . . . G . . EaP . . . . . 
   7 sc=      65   -   . G . . G S G G D E . Ea. Gb. 
   8 sc=     148   -   N K MaAaS P K T I E AaT KaYb. 
   9 sc=     159   -   LbI E E T T EbE I T L K GaQbN 
  10 sc=     195   -   FbFbA Y YbF LbC V L F F VaYbFb
  11 sc=     195   -   VbRbI V VbK VbI V V V V IbRbRb
  12 sc=      13   -   .b.b. . .bC .b. . . . . .b.b.b
  13 sc=      14   -   .b.b. . .bA .b. . . . . .b.b.b
  14 sc=      14   -   .b.b. . .bV .b. . . . . .b.b.b
  15 sc=     128   -   .b.b. R QbK Lb. . I . Q Yb.b.b
  16 sc=      29   -   AbAbA A AbA AbA A A A A A Ab.b
  17 sc=      56   -   L MbK L L L L K L LbL L L LbVb
  18 sc=      56   -   Y Y Y F FbF Y Y Y YbY F W Y Yb
  19 sc=      23   -   D DbD D DbD D N D DbD D D D .b
  20 sc=      56   -   F YbF F FbY Y F Y YbY F Y Y Yb
  21 sc=      56   -   V MbK N DbK Q H E QbE N E K Rb
  22 sc=      20   -   A AbA G P A E G A TbA P P K D 
  23 sc=      17   -   S A T N Q Q K T I NbI Q Q E S 
  24 sc=      14   -   G D A D E R S A H D T E N R R 
  25 sc=      14   -   D A D E D E P E H P E S D E D 
  26 sc=       0   -   N D D E G D R Q E Q D G D E . 
  27 sc=       0   -   T E E D E E E D D E D E E D . 
  28 sc=       0   -   L V L L L L V L L LbL L L I . 
  29 sc=      14   -   . . . . . . . . . .b. . . D . 
  30 sc=      14   -   . . . . . . . . . .b. . . L . 
  31 sc=      14   -   . . . . . . . . . .b. . . H . 
  32 sc=      14   -   . . . . . . . . . .b. . . L . 
  33 sc=      14   -   . . . . . . . . . .b. . . G . 
  34 sc=      14   -   . . . . . . . . . .b. . . D . 
  35 sc=      56   -   . . . . . . . . . .b. . . Ib. 
  36 sc=      56   -   . . . . . . . . . .b. . . Lb. 
  37 sc=      56   -   S SbS P GbT T P S AbS A P TbP 
  38 sc=      56   -   I FbF F FbF M F F LbF F M VbV 
  39 sc=      56   -   T KbK K RbI K C Q RbH K K NbWb
  40 sc=      56   -   K DbR K R K K K K CbK R E KaKb
  41 sc=      56   -   G G G G G S G G G D G G G GaGb
  42 sc=      56   -   E D D D DbA D D D E E D D SaPb
  43 sc=      56   -   KbAbI I FbI IbV Q E K V CbLaAb
  44 sc=      56   -   LbIbL L IbI LbL M Y F I MbVaKb
  45 sc=      56   -   RbIbK R HbQ TbT V YbQ T TbAaLb
  46 sc=      56   -   VbN V I VbN LbI V LbI L I LaLb
  47 sc=       0   -   .b. . . . . .b. . .b. . . G .b
  48 sc=       0   -   .b. . . . . .b. . .b. . . F .b
  49 sc=      26   -   LbV L R M V LbV L LbL I I S Wb
  50 sc=      32   -   GbQbN D DbE NbA E DbN N H D Kb
  51 sc=      56   -   Yb.b. . .b. . . . .b. . . . . 
  52 sc=      45   -   N AbE K NbK S V E SbS K R G G 
  53 sc=      87   -   H IbE P S Q T T S S S D E QaE 
  54 sc=      94   -   N D C E D E N K . E E D D EaG 
  55 sc=     140   -   G E D E P G K D G I G P E AaAb
  56 sc=       1   -   . . . . . . . . . . . . . R .b
  57 sc=       4   -   . . . . . . . . . . . . . Pa.b
  58 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . D Ea.b
  59 sc=      55   -   . . . . . . . . . . . . E Ea.b
  60 sc=      65   -   . . . . . . . . . . . . I Ia.b
  61 sc=      38   -   E G Q Q N G D P E H D N E G .b
  62 sc=     101   -   WbWbN W WbW WbN W WbW W WbWb.b
  63 sc=     101   -   CbMbW W WbW WbW W WbW W WbLb.b
  64 sc=     101   -   EbYbY N KbR KbY K RbE E WbNb.b
  65 sc=     122   -   AbGbK A GbG VbK A VbA G AbGbVb
  66 sc=     188   -   .bTbA E .b. .bA R QbR . .bYbVb
  67 sc=     165   -   .bVb. . .b. .bK S . S . .bNbIb
  68 sc=     173   -   QbQ E D AbD EbN L D L Q RbE Qb
  69 sc=     140   -   TbR L S CbY VbK A K T L LbT D 
  70 sc=       0   -   K T N E H G N V T N T N N T N 
  71 sc=       0   -   N G G G G G D G R G G N D G S 
  72 sc=       0   -   GbRbK K QbK RbR K H E R KbEbD 
  73 sc=       0   -   QbTbD R TbK QbE E EbT R EbRbIb
  74 sc=       0   -   GbGbG G GbQ GbG G GbG G GbGbKb
  75 sc=      38   -   WbMbF M MbL FbI Y YbY I YbDbVb
  76 sc=      14   -   .b.b. . .bW .b. . .b. . .b.b.b
  77 sc=       0   -   VbLbI I FbF VbI I AbI F VbFbVb
  78 sc=       0   -   PbPbP P PbP PbP P P P P PbPbPb
  79 sc=       0   -   SaAaK V RaS AaA S SaS S RaGaRa
  80 sc=       0   -   NaNaN P NaN AaN N SaN N NaTaRa
  81 sc=       0   -   YaYaY Y YaY YaY Y YaY Y LaYaKa
  82 sc=       0   -   IbVbI V VbV V V V LaV V L VbAb
  83 sc=       0   -   TbEbE E TbE K Q A VaA C G EbKb
  84 sc=       0   -   PbAbM K PbE K K R E P P L YbIb
  85 sc=       0   -   V IbK Y V M L R V K V Y Y IbIb
  86 sc=       0   -   N . P . . V . . D S . . P GbRb
  87 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . RbD 
  88 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Kb. 
  89 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Kb. 
  90 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . I . 
  91 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . S . 
  92 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . P . 

