#hmmt option tests...
../hmmt tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -a minitrain.slx tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -h
../hmmb tmp.sc minitrain.slx 
../hmmt -i tmp.sc tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -k 1.0 tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -o tmp.slx tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -p ../Demos/Nucleic.pri tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -r 0.90 tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -s 666 tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -l 6 tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -v tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -A 0.9 tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -B tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -P ../Demos/PAM250 tmp.hmm miniprotein.slx
../hmmt -S ../Demos/saschedule.dat tmp.hmm minitrain.fa
../hmmt -W tmp.hmm minitrain.fa

