Filename: ref2/test/1aboA_ref2.msf
Score details:
Alignment: ref2/test/1aboA_ref2.msf Score (DiffScore)= 3319
   0 sc=     153   -   N T MaAaG G G G EaR AaEaKaGbN 
   1 sc=       8   -   . A . . . S . . . R . . .a.b. 
   2 sc=       1   -   . . . . . P . . . S . . .a.b. 
   3 sc=       2   -   . . . . . T . . . F . . .a.b. 
   4 sc=       1   -   . . . . . . . . . Q . . .a.b. 
   5 sc=       1   -   . . . . . . . . . E . . .a.b. 
   6 sc=       7   -   . . . . . F . . . P . . .a.b. 
   7 sc=      15   -   . . . . . K . . . E . . .a.b. 
   8 sc=     112   -   LbG E E S C K T D E L T GaYbFb
   9 sc=      64   -   .bK . . T . EbE I T . K .a.b.b
  10 sc=      82   -   FbI A Y YbA LbC I L F F VaQbRb
  11 sc=      85   -   VbFbI V VbV VbI V V V V IbYbVb
  12 sc=      75   -   .bRb. R QbK Lb. V I . Q YbRb.b
  13 sc=      19   -   AbAbA A AbA AbA A A A A A Ab.b
  14 sc=      28   -   L MbK L L L L K L LbL L L LbYb
  15 sc=      28   -   Y Y Y F FbF Y Y Y YbY F W Y Yb
  16 sc=      28   -   D DbD D DbD D N D DbD D D D Rb
  17 sc=      17   -   F YbF F FbY Y F Y YbY F Y Y D 
  18 sc=      17   -   V MbK N DbK Q H E QbE N E K S 
  19 sc=      16   -   A AbA G P A E G A TbA P P K R 
  20 sc=      15   -   S A T N Q Q K T I NbI Q Q E D 
  21 sc=      14   -   G D A D E R S A H D T E N R P 
  22 sc=      14   -   D A D E D E P E H P E S D E V 
  23 sc=       0   -   N D D E G D R Q E Q D G D E . 
  24 sc=      28   -   T E E D E E E D D E D E E D Wb
  25 sc=      28   -   L V L L L L V L L LbL L L I Kb
  26 sc=      28   -   S SbS P GbT T P S AbS A P D Gb
  27 sc=      17   -   I FbF F FbF M F F LbF F M L .b
  28 sc=      17   -   T KbK K RbI K C Q RbH K K H .b
  29 sc=      16   -   K DbR K R K K K K CbK R E L .b
  30 sc=      28   -   G G G G G S G G G D G G G G Pb
  31 sc=      28   -   E D D D DbA D D D E E D D D Ab
  32 sc=      52   -   . . . . .b. . . . . . . CbIb.b
  33 sc=      52   -   . . . . .b. . . . . . . MbLb.b
  34 sc=      28   -   . . . . .b. . . . . . . .bTb.b
  35 sc=      28   -   . . . . .b. . . . . . . .bVb.b
  36 sc=      28   -   . . . . .b. . . . . . . .bNb.b
  37 sc=      28   -   . . . . .b. . . . . . . .bKa.b
  38 sc=      28   -   . . . . .b. . . . . . . .bGa.b
  39 sc=      26   -   . . . . .b. . . . . . . .bSa.b
  40 sc=       6   -   . . . . .b. . . . . . . .bLa.b
  41 sc=       0   -   . . . . .b. . . . . . . .bVa.b
  42 sc=       0   -   . . . . .b. . . . . . . .bAa.b
  43 sc=       0   -   . . . . .b. . . . . . . .bLa.b
  44 sc=       0   -   . . . . .b. . . . . . . .bG .b
  45 sc=       0   -   . . . . .b. . . . . . . .bF .b
  46 sc=      28   -   . . . . .b. . . . . . . TbS .b
  47 sc=      61   -   KbAbI I FbI IbV Q E K V I D Kb
  48 sc=      61   -   LbIbL L IbI LbL M Y F I I G Lb
  49 sc=      71   -   RbIbK R HbQ TbT V YbQ T H QaLb
  50 sc=      59   -   VbN V I VbN LbI V LbI L R Ea.b
  51 sc=      45   -   LbV L R M V LbV L LbL I E AaWb
  52 sc=      38   -   GbQbN D DbE NbA E DbN N D R Kb
  53 sc=      43   -   YbAbE K NbK S V E SbS K E PaG 
  54 sc=      53   -   N IbE P S Q T T S S S D D EaE 
  55 sc=      33   -   H D C E D E N K . E E D E Ea. 
  56 sc=      48   -   N E D E P G K D G I G P I Ia. 
  57 sc=      36   -   G G Q Q N G D P E H D N E G G 
  58 sc=      57   -   E WbN W WbW WbN W WbW W WbWbAb
  59 sc=      62   -   WbMbW W WbW WbW W WbW W WbLbVb
  60 sc=      62   -   CbYbY N KbR KbY K RbE E WbNbVb
  61 sc=      62   -   EbGbK A GbG VbK A VbA G AbGbIb
  62 sc=     108   -   AbTbA E .b. .bA R QbR . .bYb.b
  63 sc=      76   -   .bVb. . .b. .bK S . S . .bNb.b
  64 sc=     103   -   QbQ E D AbD EbN L D L Q RbE Qb
  65 sc=      84   -   TbR L S CbY VbK A K T L LbT D 
  66 sc=       0   -   K T N E H G N V T N T N N T N 
  67 sc=       0   -   N G G G G G D G R G G N D G S 
  68 sc=       0   -   GbRbK K QbK RbR K H E R KbEbD 
  69 sc=       0   -   QbTbD R TbK QbE E EbT R EbRbIb
  70 sc=      14   -   .b.b. . .bQ .b. . .b. . .b.b.b
  71 sc=      22   -   GbGbG G GbL GbG G GbG G GbGbKb
  72 sc=       0   -   WbMbF M MbW FbI Y YbY I YbDbVb
  73 sc=       0   -   VbLbI I FbF VbI I AbI F VbFbVb
  74 sc=       0   -   PbPbP P PbP PbP P P P P PbPbPb
  75 sc=      88   -   Sa. K . . S . . S Sa. . Ra. Ra
  76 sc=     100   -   NaAaN V RaN AaA N SaS S NaGaRa
  77 sc=      28   -   .a.a. . .a. .a. . .a. . .a.aKa
  78 sc=     112   -   YaNaY P NaY AaN Y YaN N LaTaAb
  79 sc=     108   -   IbYaI Y YaV YaY V LaY Y L YaKb
  80 sc=     104   -   TbVbE V VbE V V A VaV V G VbIb
  81 sc=      99   -   PbEbM E TbE K Q R E A C L EbIb
  82 sc=      94   -   V AbK K PbM K K V K P P Y YbRb
  83 sc=      76   -   N IbP Y V V L R D S V Y P IbD 
  84 sc=      14   -   . . . . . . . . . . . . . Gb. 
  85 sc=       2   -   . . . . . . . . . . . . . Rb. 
  86 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Kb. 
  87 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Kb. 
  88 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . I . 
  89 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . S . 
  90 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . P . 

