Filename: ref2/test/1aboA_ref2.msf
Score details:
Alignment: ref2/test/1aboA_ref2.msf Score (DiffScore)= 2343
   0 sc=      81   -   . T MaAaG G G . . R Aa. . . . 
   1 sc=       8   -   . A . . . S . . . R . . . . . 
   2 sc=       1   -   . . . . . P . . . . . . . . . 
   3 sc=       2   -   . . . . . T . . . S . . . . . 
   4 sc=       6   -   . . . . . F . . . F . . . . . 
   5 sc=      36   -   . G . . S K K G . Q . . KaGb. 
   6 sc=       1   -   . . . . . . . . . E . . .a.b. 
   7 sc=       2   -   . . . . . . . . . P . . .a.b. 
   8 sc=      20   -   . . . . . . . . EaE . Ea.a.b. 
   9 sc=      24   -   . . . . . . . . D E . T .a.b. 
  10 sc=      30   -   N K . E T C EbT I T . K GaYb. 
  11 sc=      19   -   LbI E Y YbA LbE I L L F VaQb. 
  12 sc=      20   -   FbFbA V VbV VbC V V F V IbYb. 
  13 sc=      20   -   VbRbI R QbK LbI V I V Q YbRb. 
  14 sc=      19   -   AbAbA A AbA AbA A A A A A Ab. 
  15 sc=      17   -   L MbK L L L L K L LbL L L Lb. 
  16 sc=      16   -   Y Y Y F FbF Y Y Y YbY F W Y . 
  17 sc=      17   -   D DbD D DbD D N D DbD D D D N 
  18 sc=      28   -   F YbF F FbY Y F Y YbY F Y Y Fb
  19 sc=      28   -   V MbK N DbK Q H E QbE N E K Rb
  20 sc=      16   -   A AbA G P A E G A TbA P P K .b
  21 sc=       0   -   S A T N Q Q K T I NbI Q Q E .b
  22 sc=       0   -   G D A D E R S A H D T E N R .b
  23 sc=       0   -   D A D E D E P E H P E S D E .b
  24 sc=       0   -   N D D E G D R Q E Q D G D E .b
  25 sc=       0   -   T E E D E E E D D E D E E D .b
  26 sc=       0   -   L V L L L L V L L LbL L L I .b
  27 sc=      17   -   S SbS P GbT T P S AbS A P D .b
  28 sc=      17   -   I FbF F FbF M F F LbF F M L .b
  29 sc=      17   -   T KbK K RbI K C Q RbH K K H .b
  30 sc=      16   -   K DbR K R K K K K CbK R E L .b
  31 sc=      14   -   G G G G G S G G G D G G G G .b
  32 sc=      15   -   E D D D DbA D D D E E D D D .b
  33 sc=      20   -   KbAbI I FbI IbV Q E K V CbIb.b
  34 sc=      28   -   LbIbL L IbI LbL M Y F I MbLbVb
  35 sc=      28   -   RbIbK R HbQ TbT V YbQ T TbTbYb
  36 sc=      28   -   VbN V I VbN LbI V LbI L I VbYb
  37 sc=      28   -   LbV L R M V LbV L LbL I I NbRb
  38 sc=      20   -   GbQbN D DbE NbA E DbN N H KaD 
  39 sc=      19   -   YbAbE K NbK S V E SbS K R GaS 
  40 sc=      16   -   N IbE P S Q T T S S S D E SaR 
  41 sc=       6   -   . . . . . . . . . . . . . La. 
  42 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Va. 
  43 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Aa. 
  44 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . La. 
  45 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . G . 
  46 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . F . 
  47 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . S . 
  48 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . D . 
  49 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . G . 
  50 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Qa. 
  51 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Ea. 
  52 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Aa. 
  53 sc=       1   -   . . . . . . . . . . . . . R . 
  54 sc=       2   -   . . . . . . . . . . . . . Pa. 
  55 sc=      88   -   H D C E D E N K G E E D D EaD 
  56 sc=      82   -   N E D E P G K D E I G P E EaP 
  57 sc=      28   -   . . . . . . . . . . . . . Ia. 
  58 sc=      14   -   . . . . . . . . . . . . . G . 
  59 sc=      86   -   G G Q Q N G D P W H D N D WbV 
  60 sc=      12   -   . . . . . . . . . . . . E .b. 
  61 sc=      14   -   . . . . . . . . . . . . I .b. 
  62 sc=      14   -   . . . . . . . . . . . . E .b. 
  63 sc=     111   -   E WbN W WbW WbN W WbW W WbLbWb
  64 sc=      64   -   . .b. . .b. .b. K .b. . .bNbKb
  65 sc=      64   -   . .b. . .b. .b. A .b. . .bGbGb
  66 sc=      28   -   . .b. . .b. .b. . .b. . .b.bPb
  67 sc=      28   -   . .b. . .b. .b. . .b. . .b.bAb
  68 sc=      28   -   . .b. . .b. .b. . .b. . .b.bKb
  69 sc=      28   -   . .b. . .b. .b. . .b. . .b.bLb
  70 sc=      28   -   . .b. . .b. .b. . .b. . .b.bLb
  71 sc=     110   -   WbMbW W WbW WbW . WbW W Wb.bWb
  72 sc=     116   -   CbYbY N KbR KbY R RbE E WbYbKb
  73 sc=     109   -   EbGbK A GbG VbK S VbA G AbNbG 
  74 sc=     102   -   AbTbA E AbD EbA L QbR Q RbE E 
  75 sc=      38   -   .b.b. . .bY .b. . . S . .b. G 
  76 sc=      44   -   .b.b. . .bG .b. . . L . .b. Ab
  77 sc=      41   -   .b.b. . .bG .b. . . . . .b. Vb
  78 sc=      28   -   .b.b. . .b. .b. . . . . .b. Vb
  79 sc=      54   -   .bVb. . .b. .b. . . . . .b. Ib
  80 sc=      87   -   QbQ E D .b. .bK . D . . .b. Qb
  81 sc=      14   -   .b. . . .b. .bN . . . . .b. . 
  82 sc=      88   -   TbR L S Cb. VbK A K T L LbT D 
  83 sc=      14   -   K T N E H . N V T N T N N T N 
  84 sc=      14   -   N G G G G K D G R G G N D G S 
  85 sc=      20   -   GbRbK K QbK RbR K H E R KbEbD 
  86 sc=      22   -   QbTbD R TbQ QbE E EbT R EbRbIb
  87 sc=      22   -   GbGbG G GbL GbG G GbG G GbGbKb
  88 sc=       0   -   WbMbF M MbW FbI Y YbY I YbDbVb
  89 sc=       0   -   VbLbI I FbF VbI I AbI F VbFbVb
  90 sc=       0   -   PbPbP P PbP PbP P P P P PbPbPb
  91 sc=       0   -   SaAaK V RaS AaA S SaS S RaGaRa
  92 sc=       0   -   NaNaN P NaN AaN N SaN N NaTaRa
  93 sc=       0   -   YaYaY Y YaY YaY Y YaY Y LaYaKa
  94 sc=       0   -   IbVbI V VbV V V V LaV V L VbAb
  95 sc=       0   -   TbEbE E TbE K Q A VaA C G EbKb
  96 sc=       0   -   PbAbM K PbE K K R E P P L YbIb
  97 sc=       0   -   V IbK Y V M L R V K V Y Y IbIb
  98 sc=       0   -   N . P . . V . . D S . . P GbRb
  99 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . RbD 
 100 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Kb. 
 101 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Kb. 
 102 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . I . 
 103 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . S . 
 104 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . P . 

