Filename: ref5/test/1eft_ref5.msf
Score details:
Alignment: ref5/test/1eft_ref5.msf Score (DiffScore)= 12201
   0 sc=       1   -   . . . . . . G . 
   1 sc=       8   -   . . . . . . Na. 
   2 sc=       8   -   . . . . . . Ia. 
   3 sc=       8   -   . . . . . . Fa. 
   4 sc=       9   -   . M . . . . Aa. 
   5 sc=       9   -   A A . . . . Na. 
   6 sc=       9   -   K V . . . . La. 
   7 sc=       9   -   G K . . . . Fa. 
   8 sc=       9   -   E V . . . . Ka. 
   9 sc=       9   -   F E . . . . Ga. 
  10 sc=       2   -   I Y . . . . L . 
  11 sc=       6   -   R D . Gb. . F . 
  12 sc=       0   -   T La. S . . G . 
  13 sc=       0   -   K Ka. P A Q K . 
  14 sc=       0   -   P Ra. QbR VbK . 
  15 sc=       0   -   H Lb. AbT QbE M 
  16 sc=       0   -   V RbV IbVbFbMbRb
  17 sc=       0   -   N NbN KbKbKbRbQb
  18 sc=       0   -   V IbV CbLbLbIbVb
  19 sc=       0   -   G GbG VbLbVbLbAb
  20 sc=       0   -   T IbT VbLbLbMbIb
  21 sc=       0   -   I AbI VbLbVbVbYb
  22 sc=       0   -   G AbG G G GbGbGb
  23 sc=       0   -   H H H D A D L K 
  24 sc=       0   -   V I V G G G D G 
  25 sc=       0   -   D D D A E G A G 
  26 sc=       0   -   H A H V S T A I 
  27 sc=       0   -   G G G G G G GaG 
  28 sc=       0   -   KaKaK KaKaKaKaKa
  29 sc=       0   -   TaTaT TaSaTaTaSa
  30 sc=       0   -   TaTaT CaTaTaTaTa
  31 sc=       0   -   LaTaL LaIaFaIaTa
  32 sc=       0   -   TaTaT LaVaVaLaTa
  33 sc=       0   -   AaEaA IaKaKaYaQa
  34 sc=       0   -   AaRaA SaQaRaKaNa
  35 sc=       0   -   LaIaI YaMaH LaLa
  36 sc=       0   -   TaLaT TaKaLaKaTa
  37 sc=       0   -   FaYaT TaIaTaL Sa
  38 sc=       0   -   VaYaV N IaGaG Ga
  39 sc=       0   -   TaTaL A HaEaEbLa
  40 sc=       0   -   AaG A F Q FaIbHa
  41 sc=      30   -   Aa. . P D E VbAa
  42 sc=      15   -   Ea. . G G K TbMa
  43 sc=      12   -   N . . E Y KbTbG 
  44 sc=       0   -   P . . Y S YbIbK 
  45 sc=      14   -   N . . I LaVbPbT 
  46 sc=      11   -   V . . P EaA T Ib
  47 sc=      28   -   E . . T EaT . Mb
  48 sc=      28   -   V . . V CaL . Vb
  49 sc=      32   -   K . K F LaG . Vb
  50 sc=      48   -   D . T D EaVb. Gb
  51 sc=      65   -   Ya. Y NbFaEb. Cb
  52 sc=       0   -   Ga. . .bIa.b. D 
  53 sc=       0   -   Da. . .bAa.b. P 
  54 sc=       0   -   Ia. . .bIa.b. K 
  55 sc=       0   -   Da. . .bIa.b. A 
  56 sc=       0   -   K . . .bYa.b. D 
  57 sc=       0   -   A . . .bGa.b. S 
  58 sc=       5   -   Pa. . .b.a.b. T 
  59 sc=       8   -   Ea. . .b.a.b. Ra
  60 sc=       8   -   Ea. . .b.a.b. .a
  61 sc=      12   -   Ra. . .b.a.b. La
  62 sc=      12   -   Aa. . .b.a.b. La
  63 sc=      12   -   Ra. . .b.a.b. La
  64 sc=      11   -   G . . .bNa.b. G 
  65 sc=      11   -   I . . .bTa.b. G 
  66 sc=      18   -   T . T .bLa.b. L 
  67 sc=      53   -   I . I .bQaVbI A 
  68 sc=      73   -   N R N YbSaHbG Q 
  69 sc=      81   -   T A T SbIaPbFbK 
  70 sc=      81   -   A A S AbLaLbNbS 
  71 sc=      90   -   H V H NbAaVbVbVa
  72 sc=      90   -   V T V VbIaFbEbLa
  73 sc=      90   -   E T E MbVaHbTbDa
  74 sc=      90   -   Y C Y VbRaTbVbTa
  75 sc=      75   -   E F D D AaN EbLa
  76 sc=      75   -   T W T G MaR YbRa
  77 sc=      84   -   A K P KbTaGbK Ea
  78 sc=      52   -   K D T PbTaPbN Ea
  79 sc=      43   -   R H R VbL IbIbGa
  80 sc=      43   -   H R H NbN KbSbEa
  81 sc=      43   -   Y I Y LbI FbFbDa
  82 sc=      31   -   S N A GbQ NbTbV 
  83 sc=      31   -   H I H LbY VbVbE 
  84 sc=      43   -   V I V WbG WbWbLa
  85 sc=      40   -   D D D D D DbDbDa
  86 sc=      40   -   C T C T S TbVbSa
  87 sc=      37   -   P P P A A A GbIa
  88 sc=      34   -   G G G G RaG G L 
  89 sc=      37   -   H H H Q QaQaQ K 
  90 sc=      43   -   AaV A EaDaEaD E 
  91 sc=      43   -   DaD D DaDaKaK G 
  92 sc=      52   -   YaF Y YaAaF I Ya
  93 sc=      52   -   IaT V D RaG R Ga
  94 sc=      52   -   KaI K R KaG P Ga
  95 sc=      40   -   NaE N L LaL LaI 
  96 sc=      52   -   MaV M RaMaR WaRb
  97 sc=      52   -   IaE I PaHaDaRaCb
  98 sc=      52   -   TaR T LaMaGaHaVb
  99 sc=      49   -   GaSbG SaA YaYaEb
 100 sc=      37   -   AaMbA Y D YaFaS 
 101 sc=      31   -   AaRbA P T I QaG 
 102 sc=      25   -   QaVbQ Q I Q N G 
 103 sc=      19   -   M LbM T E A T P 
 104 sc=      25   -   D DbD D E Q QbE 
 105 sc=      31   -   G G G VbG CbGbP 
 106 sc=      31   -   A A A SbT AbLbG 
 107 sc=      37   -   I IbI LbM IbIbV 
 108 sc=       1   -   . .b. .bP .b.bG 
 109 sc=       4   -   . .b. .bKa.b.bC 
 110 sc=       4   -   . .b. .bEa.b.bAa
 111 sc=       4   -   . .b. .bMa.b.bGa
 112 sc=       4   -   . .b. .bSa.b.bRa
 113 sc=       4   -   . .b. .bDa.b.bGa
 114 sc=       0   -   . .b. .bIa.b.b.a
 115 sc=       0   -   . .b. .bIa.b.b.a
 116 sc=       0   -   . .b. .bQa.b.b.a
 117 sc=       0   -   . .b. .bRa.b.b.a
 118 sc=       0   -   . .b. .bLa.b.b.a
 119 sc=       0   -   . .b. .bWa.b.b.a
 120 sc=       0   -   . .b. .bKa.b.b.a
 121 sc=       0   -   . .b. .bD .b.b.a
 122 sc=       0   -   . .b. .bSa.b.b.a
 123 sc=       8   -   . .b. .bGa.b.bIa
 124 sc=       8   -   . .b. .bIa.b.bIa
 125 sc=       8   -   . .b. .bQa.b.bTa
 126 sc=      52   -   L VbL IbAaIbFbSa
 127 sc=      52   -   V VbV CbCaMbVbIa
 128 sc=      52   -   V FbV FbFaFbVbNa
 129 sc=      52   -   S DbA SbDaDbDbMa
 130 sc=      37   -   A SbA L R V S La
 131 sc=      34   -   A S T V A T N Ea
 132 sc=      34   -   D Q D S S S D Qa
 133 sc=      49   -   . . . PaE RaR L 
 134 sc=      75   -   G G G AaY VaEaG 
 135 sc=      51   -   P V P SaQ TaRaA 
 136 sc=      51   -   M E M FaL YaVaY 
 137 sc=      57   -   PaP P EaN KaNaT 
 138 sc=      51   -   QaQ Q NaD N EaD 
 139 sc=      60   -   TaS T VaS . AaD 
 140 sc=      85   -   RaEaR RaAaVaRaL 
 141 sc=      85   -   EaTaE AaGaPaEaD 
 142 sc=     101   -   HaVaH K YaNaEaYb
 143 sc=     104   -   IaWaI WaYaWaLaVb
 144 sc=     104   -   LaRaL YaLaHaMaFb
 145 sc=     104   -   LaQaL PaSaRaRaYb
 146 sc=     104   -   AaAaG EaDaDaMaDb
 147 sc=     104   -   RaEaR VaLaLaLaVb
 148 sc=     104   -   QaKaQ RaEaVaAaLb
 149 sc=      95   -   VaYaV HaRaRaE G 
 150 sc=      79   -   G K G HaLaVaD D 
 151 sc=      22   -   V V V C V C E V 
 152 sc=      37   -   P PbP P T E L V 
 153 sc=      21   -   Y .bY N P N R C 
 154 sc=       7   -   . .b. . G . . G 
 155 sc=       7   -   . .b. . Y . . G 
 156 sc=       7   -   . .b. . V . . F 
 157 sc=       7   -   . .b. . P . . A 
 158 sc=      28   -   . .b. . T . . Ma
 159 sc=      28   -   . .b. . Ea. . Pa
 160 sc=      28   -   . .b. . Qa. . Ia
 161 sc=      28   -   . .b. . Da. . Ra
 162 sc=      10   -   . .b. . Va. . E 
 163 sc=       4   -   . .b. . La. . G 
 164 sc=      10   -   . .b. . Ra. . K 
 165 sc=       7   -   . .b. . S . . A 
 166 sc=       8   -   . .b. . R . . Q 
 167 sc=      53   -   . .b. . V . DbEb
 168 sc=      72   -   I RbI T K I AbIb
 169 sc=      81   -   V IbI P T PbVbYb
 170 sc=      82   -   V AbV IbT IbLbIb
 171 sc=      82   -   F FbF IbG VbLbVb
 172 sc=      88   -   M AbL LbIbLbVbAb
 173 sc=      82   -   N NbN VbIbCbFbS 
 174 sc=      79   -   K K K GbEbGbAbG 
 175 sc=      79   -   V M C TbTbNbNbE 
 176 sc=      70   -   D D D K QbK KbMa
 177 sc=      70   -   M K M LaFbV Q Ma
 178 sc=      70   -   V T V DaSbD D Aa
 179 sc=      70   -   D G D LaFbI L La
 180 sc=      72   -   D AaD RaK K P Ya
 181 sc=      75   -   PaDaE D D D N Aa
 182 sc=      89   -   EaLaE D Lb. A Aa
 183 sc=      95   -   LaWaL KaNb. M Na
 184 sc=      95   -   LaLaL DaFb. N Na
 185 sc=     101   -   DaVaE TaRb. AaIa
 186 sc=     101   -   LaIaL IaMb. AaSa
 187 sc=     105   -   VaRaV EaFbR EaKa
 188 sc=     105   -   EaTaE KaDbK IaGa
 189 sc=     105   -   MaMaM LaVbV TaIa
 190 sc=      99   -   EaQaE KaG K DaQa
 191 sc=     105   -   VaEaV EaG AaKaKa
 192 sc=      78   -   RaR R K Q KaL Ya
 193 sc=      78   -   DaL E K RaSaG A 
 194 sc=      33   -   .aG . . Sa.a. K 
 195 sc=      43   -   .aAb. . Ea.a. S 
 196 sc=      43   -   .aRb. . Ra.a. G 
 197 sc=      45   -   .aPb. . Ka.a. G 
 198 sc=      36   -   .aVb. . Ka.a. . 
 199 sc=      36   -   .aVb. . Wa.a. . 
 200 sc=      36   -   .aMb. . Ia.a. . 
 201 sc=      36   -   .aQb. . Ha.a. . 
 202 sc=      29   -   .aL . . Ca.a. . 
 203 sc=       7   -   .aP . . F .a. . 
 204 sc=       7   -   .aI . . E .a. . 
 205 sc=       7   -   .aG . . G .a. . 
 206 sc=       7   -   .aR . . V .a. . 
 207 sc=       7   -   .aE . . T .a. . 
 208 sc=      24   -   .aD . . Cb.a. . 
 209 sc=      28   -   .aT . . Ib.a. . 
 210 sc=      28   -   .aFa. . Ib.a. . 
 211 sc=      28   -   .aSa. . Fb.a. . 
 212 sc=      28   -   .aGa. . Ib.a. . 
 213 sc=      28   -   .aIa. . Ab.a. . 
 214 sc=      28   -   .aIa. . Ab.a. . 
 215 sc=      10   -   .aDa. . L .a. . 
 216 sc=      19   -   .aVa. . S .a. V 
 217 sc=      37   -   .aLa. . A .a. Rb
 218 sc=      48   -   LaRaL . Y .a. Lb
 219 sc=      60   -   LaMaL L D .a. Gb
 220 sc=      51   -   NaK S T M .a. Gb
 221 sc=      48   -   QaA Q P V .a. Ib
 222 sc=      78   -   YaY Y I L IaL Ib
 223 sc=      48   -   E T D T V V H Cb
 224 sc=      66   -   F Y F YaE F S Nb
 225 sc=      66   -   P GbP PaD H L S 
 226 sc=      66   -   G NbG QaD R R R 
 227 sc=      66   -   D DbD GaE K H K 
 228 sc=      48   -   E L D LaV K R V 
 229 sc=      64   -   V GbT AaN N N A 
 230 sc=      81   -   P TbP MaRa. WbN 
 231 sc=      81   -   V DbI AaMa. YbE 
 232 sc=      86   -   I IbV KaHa. IbYa
 233 sc=      80   -   R R R EaEa. QbEa
 234 sc=      71   -   G E G I Sa. AbLa
 235 sc=      75   -   S IaS G La. T La
 236 sc=      52   -   . Pa. . Ha. . Da
 237 sc=      52   -   . Ia. . La. . Aa
 238 sc=      48   -   . P . . Fa. . Fa
 239 sc=      44   -   . E . . Na. . Aa
 240 sc=      48   -   . Eb. . Sa. . Ka
 241 sc=      48   -   . Yb. . Ia. . Ea
 242 sc=      36   -   . Lb. . Ca. . L 
 243 sc=      14   -   . Db. . N . . G 
 244 sc=       0   -   . Q . . . . . . 
 245 sc=       0   -   . A . . . . . . 
 246 sc=       0   -   . R . . . . . . 
 247 sc=       0   -   . E . . . . . . 
 248 sc=       0   -   . Yb. . . . . . 
 249 sc=      10   -   . Hb. . H . . . 
 250 sc=      10   -   . Eb. . R . . . 
 251 sc=      10   -   . Kb. . Y . . . 
 252 sc=       9   -   . Lb. . F . . . 
 253 sc=       5   -   . V . . A . . . 
 254 sc=       7   -   . E . . T . . . 
 255 sc=       7   -   . V . . T . . . 
 256 sc=      28   -   . A . . Sb. . . 
 257 sc=      28   -   . A . . Ib. . . 
 258 sc=      28   -   . D . . Vb. . . 
 259 sc=      28   -   . F . . Lb. . . 
 260 sc=      28   -   . Db. . Fb. . . 
 261 sc=      28   -   . Eb. . Lb. . . 
 262 sc=      32   -   . Nb. . Nb. . S 
 263 sc=      16   -   . Ib. . K . . Q 
 264 sc=      75   -   AaM A A Ka. . Lb
 265 sc=      85   -   LaL L V DaLb. Ib
 266 sc=      94   -   LaK K KbVaQb. Hb
 267 sc=      97   -   AaYaA YbFaYb. Fb
 268 sc=      97   -   LaLaL LbSaYb. Vb
 269 sc=      86   -   EaEaE EbEaDb. P 
 270 sc=      32   -   EaGa. . Ka. . R 
 271 sc=      32   -   MaEa. . Ia. . S 
 272 sc=      41   -   HaEa. . K . . Pa
 273 sc=       5   -   .aPa. . K . . .a
 274 sc=       5   -   .aTa. . A . . .a
 275 sc=       5   -   .aEa. . H . . .a
 276 sc=       5   -   .aEa. . L . . .a
 277 sc=       5   -   .aEa. . S . . .a
 278 sc=       5   -   .aLa. . I . . .a
 279 sc=       5   -   .aVa. . C . . .a
 280 sc=       5   -   .aAa. . F . . .a
 281 sc=       5   -   .aAa. . P . . .a
 282 sc=       5   -   .aIa. . D . . .a
 283 sc=       4   -   .aRa. . Y . . .a
 284 sc=       4   -   .aKa. . N . . .a
 285 sc=       4   -   .aGa. . G . . .a
 286 sc=       4   -   .aTa. . P . . .a
 287 sc=       1   -   .aI . . N . . .a
 288 sc=       3   -   .aD . . T . . .a
 289 sc=      52   -   .aL . . Ya. . Ma
 290 sc=      58   -   KaK . . Ea. . Va
 291 sc=      56   -   N I . . Da. . Ta
 292 sc=      68   -   P Tb. . Aa. . Ka
 293 sc=      56   -   K Pb. . Ga. . Aa
 294 sc=      56   -   T Vb. . Na. . Ea
 295 sc=      56   -   K Fb. . Ya. . Ia
 296 sc=      54   -   R Lb. . Ia. . N 
 297 sc=      44   -   G G G C KaI . K 
 298 sc=      46   -   E S D S VaS C Q 
 299 sc=      76   -   N AaA A QaAaA T 
 300 sc=      94   -   EaLaE L FaKaT Va
 301 sc=      94   -   WaKaW T LaSaS Ia
 302 sc=      61   -   VaN E Q E N G Ea
 303 sc=      40   -   DaKaA R L Y D Ya
 304 sc=      25   -   KaGaK G N N G D 
 305 sc=      37   -   IaVaI LaM F LaP 
 306 sc=      43   -   WaQaL KaR EaYaT 
 307 sc=      43   -   EaLaE TaR KaEaC 
 308 sc=      49   -   LaLaL VaD PaGaEa
 309 sc=      49   -   LaLaA FaV FaLaQa
 310 sc=      49   -   DaDaG DaK LaDaAa
 311 sc=      49   -   AaAaF EaE WaWaEa
 312 sc=      49   -   IaVaL AaI LaLaEa
 313 sc=      52   -   DaVaD IaYbAaSaYa
 314 sc=      52   -   EaDaS RaSbRaNaRa
 315 sc=      52   -   YaYaY AaHbKaQaEa
 316 sc=      52   -   I L I VaMbLaLaLa
 317 sc=      52   -   P P P L TbIaRaAa
 318 sc=      37   -   T S E C C G NaRa
 319 sc=      34   -   P P P P A D Q Ka
 320 sc=      34   -   V L E P T P K Va
 321 sc=      34   -   . D R P D N . Da
 322 sc=      36   -   . . . . Ta. . Aa
 323 sc=      34   -   . . . . Qa. . N 
 324 sc=      34   -   . . . . Na. . E 
 325 sc=      34   -   . . . . Va. . L 
 326 sc=      28   -   . . . . Ka. . . 
 327 sc=      28   -   . . . . Fa. . . 
 328 sc=      28   -   . . . . Va. . . 
 329 sc=      28   -   . . . . Fa. . . 
 330 sc=      28   -   . . . . Da. . . 
 331 sc=      28   -   . . . . Aa. . . 
 332 sc=      28   -   . . . . Va. . . 
 333 sc=      28   -   . . . . Ta. . . 
 334 sc=      28   -   . . . . Da. . . 
 335 sc=      28   -   . . . . Ia. . . 
 336 sc=      28   -   . . . . Ia. . . 
 337 sc=       7   -   . . . . I . . . 

