Filename: ref3/test/1wit_ref3.msf
Score details:
Alignment: ref3/test/1wit_ref3.msf Score (DiffScore)= 9424
   0 sc=      75   -   L . . V . V V S T . . . F R . . G G F 
   1 sc=     144   -   K . . L K KbP K P K L . P V I . A A Kb
   2 sc=     114   -   P . . . E PbP P P P I P . LbI . V . Ib
   3 sc=     140   -   Kb. . . T YbW V R R Q E . QbQ . . . Eb
   4 sc=     100   -   Ib. . . T FbF F F I A I . VbV . . . .b
   5 sc=     111   -   LbL L . I TbL I T V R I T DbL T S . Tb
   6 sc=     100   -   T D D . W KbN K R Y Q R N IbL N K D Tb
   7 sc=      30   -   . C . . . .b. . . . . . . .b. . . C . 
   8 sc=      32   -   . S . . . .b. . . . . . . .b. . . R . 
   9 sc=      15   -   . G . . . .b. . . . . . . .b. . . . . 
  10 sc=      17   -   . K . . . .b. . . . . . . .b. . . . . 
  11 sc=      18   -   . A . . . .b. . . . . . . .b. . . . . 
  12 sc=      24   -   A A A P V TbH V T T I K S VbE A K D P 
  13 sc=      21   -   S E D E S IbP P P E R P S P V . N S E 
  14 sc=       0   -   RbN N G P LbS E V K V Q S S S LbI G S 
  15 sc=       0   -   KbT T P S DbN D D T N N H QbS EbT T Rb
  16 sc=       0   -   IbI V V P MbL Q Q H A Q L GbE TbI V Yb
  17 sc=       0   -   KbV T W I DbY T T L T G V EbS WbL W Lb
  18 sc=       0   -   IbV V V L VbA G G D A V A IbP GbG G Ab
  19 sc=       0   -   K V I K E V Y L V L N R L SbQ AbA A Qb
  20 sc=       0   -   A A A V E E E S S M M V Q V I L L L I 
  21 sc=       0   -   G G G G G G S G G G D G G G G G E G G 
  22 sc=       0   -   F N N K S S M G G S E G Q E D Q R H D 
  23 sc=       0   -   T K K A P AbD V V N S V S SbR DbD G S 
  24 sc=       0   -   HbV L V V AbI A A I V A L KbA IbI I Vb
  25 sc=       0   -   NbR R T N RbE S S Q V S I FbW NbN N Sb
  26 sc=       0   -   LbL L L L FbF F F L L F L FbF LbL L Lb
  27 sc=       0   -   EbD E E T DbE V I P S Y E LbD D D N Tb
  28 sc=       0   -   VbV I C C CbC C C C C C C CbC I I I Cb
  29 sc=       0   -   DbP P V S KbT Q Q R D A I QbK P P P Sb
  30 sc=       0   -   FbI I S S VbV A A V A A A VbV S A N Tb
  31 sc=      48   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. F F F .b
  32 sc=      48   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. Q Q Q .b
  33 sc=      48   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. M M M .b
  34 sc=      48   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. S S T .b
  35 sc=      48   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. D E D .b
  36 sc=       3   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. D H D .b
  37 sc=       0   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. IbV I .b
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  39 sc=      96   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. DbD E .b
  40 sc=      96   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. IbI V .b
  41 sc=      96   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. KbQ R .b
  42 sc=      96   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. WbW W .b
  43 sc=      96   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. EbS E .b
  44 sc=      96   -   .b. . . . .b. . . . . . . .b. KbK R .b
  45 sc=     120   -   IbS S A D EbS T T H D R E AbT TaG G Tb
  46 sc=     110   -   G G G G G G G G G A G G G GbG SaK S G 
  47 sc=      96   -   A E E E I Y K E D R F D F D D Da. . C 
  48 sc=      50   -   P P P P P P P P P P P P P A P K . . E 
  49 sc=      48   -   D A P R A D V K R R D P T K S K T T S 
  50 sc=     120   -   P P P S P PbP P P A P P P D A KbK L P 
  51 sc=     138   -   TbT K S K EbT R K E E S T K V IbI V Fb
  52 sc=      72   -   .b. . . . .b. . . . . . . Db. .b. . .b
  53 sc=     120   -   AbV A A I VbV I I I I I I IbI AbA A Fb
  54 sc=     120   -   TbT M R L MbN T V T S V K SbS QbK E Sb
  55 sc=     120   -   WbW W W W WbW W W W W W W WbW FbF F Wb
  56 sc=      84   -   TbK S T S FbM M N L L R L FbT R K K Rb
  57 sc=      75   -   V R R R R KbK K K N K K H SbK K N R Tb
  58 sc=      48   -   G G G I Q D N K K N K N P P E E G K Q 
  59 sc=     125   -   D D D S L D G G G E G G S N G K S M I 
  60 sc=     124   -   S Q K S N N D K K N E K D G N E M . D 
  61 sc=     220   -   G L A T N P V K K K P K P EbD TbT K S 
  62 sc=      34   -   A . . . G . . . . . . . . .b. .b. . . 
  63 sc=     206   -   AbF . P E . . V V E I V M KbD .b. P P 
  64 sc=     219   -   LbT I A L V V S S I E S P LbL FbF F L 
  65 sc=     165   -   A A M K Q K I S N V D G T S P KbQ L N 
  66 sc=      87   -   P . . L P . . . . . . . . P P . . . G 
  67 sc=     167   -   E T E E . E P . . Q G T . N N E K K Kb
  68 sc=      68   -   L E G Q . S S . . G E Q . Q A K D S .b
  69 sc=      10   -   . . S . . . . . . . . . . . . . . . .b
  70 sc=      60   -   . G G R . R D Q Q H E S D Q Q D K G .b
  71 sc=      70   -   . R R T . H Y R R R K R R R . T T A .b
  72 sc=     120   -   . V I Y . F F F F H I Y V Ib. YbY F .b
  73 sc=     160   -   . H R G . QbQ E E R S T I Sb. KbE E .b
  74 sc=     233   -   Lb. . L . IbI V V V F V Y Vb. LbV I .b
  75 sc=     266   -   VbI T . . Db. . . . . . . Vb. . . . Vb
  76 sc=     230   -   DbD E . . Yb. . . . . . . Wb. . . . Tb
  77 sc=     165   -   AbS S . . D . . . . . . . Nb. . . . Nb
  78 sc=     205   -   KbQ Y M L E V I I L N L Q D V F L L Eb
  79 sc=      91   -   S A P D S E . E E . E E N D . . . . G 
  80 sc=      18   -   . . . . . . . F F . . . . . . . . . . 
  81 sc=      16   -   . . . . . . . D D . . . . . . . . . . 
  82 sc=      10   -   . . . . . . . D D . . . . . . . . . . 
  83 sc=       8   -   . . . . . . . G G . . . . . . . . . . 
  84 sc=     133   -   S D D S E G G A S A D Q H D T K K A T 
  85 sc=      30   -   TbL S H N NbG G G N K P N SbG N N N Tb
  86 sc=      30   -   TbS S T T CbS S S G S G K SbG G G G Sb
  87 sc=      30   -   SbS T V T SbN V V D E G T TbR T T D Tb
  88 sc=      33   -   IbF L L L LbL L L L M I L LbL LbL L Lb
  89 sc=      33   -   FbV V Q T TbR R R L T S Q TbL KbK K Tb
  90 sc=      33   -   FbI I I F IbI I I I I I L IbF IbI I Mb
  91 sc=      34   -   . . . . . .b. Q Q . . . . .b. . . . . 
  92 sc=      68   -   P E D S M SbL P P S Y L L YbT K K K N 
  93 sc=      50   -   S S I S S E G L L E R R N N D H H N P 
  94 sc=      50   -   A A A A T V V R R I V I V A L L L L V 
  95 sc=      50   -   K E E K K C V V T K E E G N K K E T S 
  96 sc=      18   -   . . . . . . . . . . . P . . . . . . . 
  97 sc=      18   -   . . . . . . . . . . . V . . . . . . . 
  98 sc=      18   -   . . . . . . . . . . . R . . . . . . . 
  99 sc=       2   -   . . . . . . . . . . . A . . . . . . . 
 100 sc=       0   -   RaR R P R GaK Q P W K G E I E TaR R Fa
 101 sc=       0   -   AaS D S D DaS R R E E R E D D DaI D Ga
 102 sc=       0   -   DaD D D D DaD D D D D D D D N DaH D Na
 103 sc=       0   -   S E S A S DaE E E M E D D A A Q E S E 
 104 sc=       0   -   GbG G G G AbG A A G A A G GbG DbG G H 
 105 sc=       0   -   NbR V T I KbF I I N E P E IbV IbT T Sb
 106 sc=       0   -   YbY Y Y Y YbY Y Y Y Y Y Y YbY YbY Y Yb
 107 sc=       0   -   KbC H V V TbQ E E K S E T KbR KbK N Lb
 108 sc=       0   -   LbI I C C CbC C C C C C C CbC VbV V Cb
 109 sc=       0   -   KbT N L E KbV T V I I V L VbV SbD T Tb
 110 sc=       0   -   VbV L A G AbA A A A A A A VbA IbA V Ab
 111 sc=       0   -   KbT K Q I VbE T S R N E E TbK YbY Y Tb
 112 sc=       0   -   NbN N N N N N N N N N N N AbT DbD S Cb
 113 sc=       0   -   E P E A E S E S N V Q G S E K T S T E 
 114 sc=       0   -   L V A L A L A L V V A V L D A K D N S 
 115 sc=      72   -   GbG G G G G G G G G G G G G G G G G Rb
 116 sc=     188   -   EbE E T I EbN E E K E D S TbP K K T Kb
 117 sc=     224   -   DbD A A S AbA I I D A A A QbL NbN R Lb
 118 sc=     224   -   EbS H Q R TbQ N S T E V R SbQ VbV I Eb
 119 sc=      18   -   .b. . . . .b. . . . . S . .b. .b. . .b
 120 sc=      18   -   .b. . . . .b. . . . . A . .b. .b. . .b
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 122 sc=     225   -   AbA A K K CbT T V A A A H EbT LbL L Kb
 123 sc=     225   -   IbT S Q S TbS S S D I T A AbR EbE D Gb
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 126 sc=      72   -   .b. . . . .b. . . . . . . Nb. .b. . .b
 127 sc=     173   -   VbV V V L LbL L L V L . V VbL FbF L Vb
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 130 sc=     138   -   Qb. . . . EbP . . . . . E Fb. KbS R Yb
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 132 sc=      48   -   . . . . . Mb. . . . . . . . . QbL L . 

