Filename: ref2/test/1aboA_ref2.msf
Score details:
Alignment: ref2/test/1aboA_ref2.msf Score (DiffScore)= 1229
   0 sc=       0   -   . . . . . . . . . R . . . . . 
   1 sc=       1   -   . . . . . . . . . R . . . . . 
   2 sc=       0   -   . . . . . . . . . S . . . . . 
   3 sc=       0   -   . . . . . G . . . F . . . . . 
   4 sc=       0   -   . . . . . S . . . Q . . . . . 
   5 sc=       0   -   . . . . . P . . . E . . . . . 
   6 sc=       0   -   . T . . . T . . . P . . . . . 
   7 sc=       0   -   . A . . G F G . EaE . Ea. . . 
   8 sc=       0   -   . G . AaS K K G D E . T KaGb. 
   9 sc=       0   -   N K MaE T C EbT I T AaK GaYb. 
  10 sc=      19   -   LbI E Y YbA LbE I L L F VaQb. 
  11 sc=      20   -   FbFbA V VbV VbC V V F V IbYbN 
  12 sc=      28   -   VbRbI R QbK LbI V I V Q YbRbFb
  13 sc=      28   -   AbAbA A AbA AbA A A A A A AbRb
  14 sc=      28   -   L MbK L L L L K L LbL L L LbVb
  15 sc=      28   -   Y Y Y F FbF Y Y Y YbY F W Y Yb
  16 sc=      17   -   D DbD D DbD D N D DbD D D D .b
  17 sc=      28   -   F YbF F FbY Y F Y YbY F Y Y Yb
  18 sc=      28   -   V MbK N DbK Q H E QbE N E K Rb
  19 sc=      16   -   A AbA G P A E G A TbA P P K D 
  20 sc=      15   -   S A T N Q Q K T I NbI Q Q E S 
  21 sc=      14   -   G D A D E R S A H D T E N R R 
  22 sc=      14   -   D A D E D E P E H P E S D E D 
  23 sc=       0   -   N D D E G D R Q E Q D G D E . 
  24 sc=       0   -   T E E D E E E D D E D E E D . 
  25 sc=       0   -   L V L L L L V L L LbL L L I . 
  26 sc=       0   -   S SbS P GbT T P S AbS A P D P 
  27 sc=       0   -   I FbF F FbF M F F LbF F M L V 
  28 sc=       0   -   T KbK K RbI K C Q RbH K K H Wb
  29 sc=       0   -   K DbR K R K K K K CbK R E L Kb
  30 sc=       0   -   G G G G G S G G G D G G G G Gb
  31 sc=       0   -   E D D D DbA D D D E E D D D Pb
  32 sc=       0   -   KbAbI I FbI IbV Q E K V CbIbAb
  33 sc=       0   -   LbIbL L IbI LbL M Y F I MbLbKb
  34 sc=       0   -   RbIbK R HbQ TbT V YbQ T TbTbLb
  35 sc=       0   -   VbN V I VbN LbI V LbI L I VbLb
  36 sc=      18   -   LbV L R M V LbV L LbL I I Nb.b
  37 sc=      20   -   GbQbN D DbE NbA E DbN N H Ka.b
  38 sc=      55   -   .b.bE . .b. . V . .b. . R Ga.b
  39 sc=      26   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . Sa.b
  40 sc=       6   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . La.b
  41 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . Va.b
  42 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . Aa.b
  43 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . La.b
  44 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . G .b
  45 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . F .b
  46 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . S .b
  47 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . D .b
  48 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . G .b
  49 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . Qa.b
  50 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . Ea.b
  51 sc=      14   -   .b.b. . .b. . . . .b. . E Aa.b
  52 sc=      54   -   Yb.b. . .b. . . . .b. . D R Wb
  53 sc=     103   -   N AbE K NbK S T E SbS K E PaKb
  54 sc=      83   -   H IbC P S Q T K S S S D D EaG 
  55 sc=      15   -   N D D E D E N D . E E D E EaE 
  56 sc=      15   -   G E Q E P G K P G I G P I IaG 
  57 sc=      14   -   E G N Q N G D N E H D N E G . 
  58 sc=      21   -   WbWbW W WbW WbW W WbW W WbWb. 
  59 sc=      21   -   CbMbY W WbW WbY W WbW W WbLb. 
  60 sc=      21   -   EbYbK N KbR KbK K RbE E WbNb. 
  61 sc=      28   -   AbGbA A GbG VbA A VbA G AbGbAb
  62 sc=      28   -   QbTbE E AbD EbK R QbR Q RbYbVb
  63 sc=      88   -   .bVb. . .b. .b. S . S . .bNbVb
  64 sc=      61   -   .bQ . D .bY .b. L D L . .bE Ib
  65 sc=     111   -   TbR L S CbG VbN A K T L LbT Qb
  66 sc=      39   -   K T N E H G N K T N T N N T D 
  67 sc=      26   -   . . . . . . . V . . . . . . N 
  68 sc=      14   -   N G G G G K D G R G G N D G S 
  69 sc=      20   -   GbRbK K QbK RbR K H E R KbEbD 
  70 sc=      22   -   QbTbD R TbQ QbE E EbT R EbRbIb
  71 sc=      22   -   GbGbG G GbL GbG G GbG G GbGbKb
  72 sc=       0   -   WbMbF M MbW FbI Y YbY I YbDbVb
  73 sc=       0   -   VbLbI I FbF VbI I AbI F VbFbVb
  74 sc=       0   -   PbPbP P PbP PbP P P P P PbPbPb
  75 sc=       0   -   SaAaK V RaS AaA S SaS S RaGaRa
  76 sc=       0   -   NaNaN P NaN AaN N SaN N NaTaRa
  77 sc=       0   -   YaYaY Y YaY YaY Y YaY Y LaYaKa
  78 sc=       0   -   IbVbI V VbV V V V LaV V L VbAb
  79 sc=       0   -   TbEbE E TbE K Q A VaA C G EbKb
  80 sc=       0   -   PbAbM K PbE K K R E P P L YbIb
  81 sc=       0   -   V IbK Y V M L R V K V Y Y IbIb
  82 sc=       0   -   N . P . . V . . D S . . P GbRb
  83 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . RbD 
  84 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Kb. 
  85 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Kb. 
  86 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . I . 
  87 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . S . 
  88 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . P . 

