Filename: ref5/test/1eft_ref5.msf
Score details:
Alignment: ref5/test/1eft_ref5.msf Score (DiffScore)= 10332
   0 sc=      33   -   A M V GbA Q G M 
   1 sc=      42   -   K A N S R VbNaRb
   2 sc=      42   -   G V V P T QbIaQb
   3 sc=      49   -   E K G QbVbFbFaVb
   4 sc=      16   -   . V . .bKb.b.a.b
   5 sc=      16   -   . E . .bLb.b.a.b
   6 sc=      15   -   . Y . .bLb.b.a.b
   7 sc=      14   -   . . . .bLb.b.a.b
   8 sc=      14   -   . . . .bLb.b.a.b
   9 sc=       7   -   . . . .bG .b.a.b
  10 sc=       7   -   . . . .bA .b.a.b
  11 sc=       7   -   . . . .bG .b.a.b
  12 sc=       7   -   . . . .bE .b.a.b
  13 sc=       7   -   . . . .bS .b.a.b
  14 sc=       7   -   . . . .bG .b.a.b
  15 sc=      14   -   . . . .bKa.b.a.b
  16 sc=      16   -   . D . .bSa.b.a.b
  17 sc=      20   -   . La. .bTa.b.a.b
  18 sc=      22   -   . Ka. .bIa.b.a.b
  19 sc=      53   -   F RaT AbVaKbAaAb
  20 sc=      53   -   I LbI IbKaLbNaIb
  21 sc=      45   -   R Rb. KbQa.b.aYb
  22 sc=      45   -   T Nb. CbMa.b.aGb
  23 sc=      42   -   K Ib. VbKa.b.aK 
  24 sc=      51   -   P GbG VbIaVbLaG 
  25 sc=       7   -   . .b. .b.a.b.aG 
  26 sc=      51   -   H IbH VbIaLbFaI 
  27 sc=      41   -   V Ab. . HaVb.aG 
  28 sc=      39   -   N Ab. G Q Gb.aKa
  29 sc=      38   -   V H V D D D KaSa
  30 sc=      38   -   G I D G G G GaTa
  31 sc=      32   -   T D H A Y G L Ta
  32 sc=      30   -   I A . V S T F Ta
  33 sc=      35   -   G G G G LaG G Qa
  34 sc=      41   -   H KaK KaEaKaK Na
  35 sc=      41   -   V TaT TaEaTaK La
  36 sc=      41   -   D TaT CaCaTaE Ta
  37 sc=      14   -   . Ta. .a.a.a. .a
  38 sc=      49   -   H TaL LaLaFaMbSa
  39 sc=      41   -   G Ea. .aEaVa.bGa
  40 sc=      54   -   KaRaT LaFaKaRbLa
  41 sc=      36   -   TaIa. .aIa.a.bHa
  42 sc=      53   -   TaLaA .aAaRaIbAa
  43 sc=      55   -   LaYaA IaIaH LbMa
  44 sc=      32   -   TaYa. .aIa. .bG 
  45 sc=      19   -   .aTa. .a.a. .bK 
  46 sc=      11   -   .aG . .a.a. .bT 
  47 sc=       7   -   .aR . .a.a. .b. 
  48 sc=      16   -   .aA . .a.a. .bIb
  49 sc=      26   -   AaA . .aYa. .bMb
  50 sc=      53   -   AaV I SaGaLaMbVb
  51 sc=      53   -   LaT T YaNaTaVbVb
  52 sc=      53   -   TaT T TaTaGaGbGb
  53 sc=      51   -   FaC V TaLaEaL Cb
  54 sc=       4   -   .a. . . Qa.a. . 
  55 sc=       4   -   .a. . . Sa.a. . 
  56 sc=       4   -   .a. . . Ia.a. . 
  57 sc=      44   -   VaF L N LaFaD D 
  58 sc=      39   -   TaW A A AaE A P 
  59 sc=      39   -   AaK K F IaK A K 
  60 sc=      48   -   AaD T P VaKbGaA 
  61 sc=      48   -   EaH Y G RaYbKaD 
  62 sc=      45   -   N R T E AaVbTaS 
  63 sc=      40   -   P I I Y MaA TaT 
  64 sc=      46   -   N N N I TaT IaRa
  65 sc=      39   -   V I . P TaL LaLa
  66 sc=      41   -   E I T T L G YaLa
  67 sc=      46   -   V D S V N VbKaLa
  68 sc=      41   -   K T H F I EbLaG 
  69 sc=      41   -   D P V D Q VbKaG 
  70 sc=       7   -   . G . . . .b. . 
  71 sc=      46   -   YaH E NbY HbL L 
  72 sc=      46   -   GaV Y YbG PbG A 
  73 sc=       5   -   Da. . .b. .b. Q 
  74 sc=       1   -   .a. . .b. .b. K 
  75 sc=       1   -   .a. . .b. .b. S 
  76 sc=       2   -   .a. . .b. .b. Va
  77 sc=       6   -   Ia. . .b. .b. La
  78 sc=      53   -   DaD D SbD LbEbDa
  79 sc=      13   -   K F . .bS .b.bTa
  80 sc=       7   -   . T . .b. .b.b.a
  81 sc=       7   -   . I . .b. .b.b.a
  82 sc=      50   -   A E T AbA VbIbLa
  83 sc=      55   -   PaV P NbRaFbVbRa
  84 sc=      55   -   EaE T VbQaHbTbEa
  85 sc=      55   -   EaR R MbDaTbTbEa
  86 sc=      46   -   RaSbH VbDaN .bGa
  87 sc=      53   -   AaMbY D AaR IbEa
  88 sc=       2   -   .a.b. . Ra. .b.a
  89 sc=       2   -   .a.b. . Ka. .b.a
  90 sc=       2   -   .a.b. . La. .b.a
  91 sc=      55   -   RaRbA G MaGbPbDa
  92 sc=      50   -   G VbH KbHaPbT V 
  93 sc=      50   -   I LbV PbMaIbI E 
  94 sc=      28   -   . Db. VbA .b. La
  95 sc=      44   -   T G D NbD KbG Da
  96 sc=      46   -   I A C LbT FbFbSa
  97 sc=      49   -   N IbP GbI NbNbIa
  98 sc=      46   -   T VbG LbE VbVbL 
  99 sc=      46   -   A VbH WbE WbEbK 
 100 sc=      14   -   . Fb. . . .b.b. 
 101 sc=      42   -   H DbA D G DbTbE 
 102 sc=      42   -   V SbD T T TbVbG 
 103 sc=      27   -   E S . . . . EbYa
 104 sc=      38   -   Y Q Y A M A YbGa
 105 sc=      33   -   E G V G P G K Ga
 106 sc=       4   -   T . . . . . . . 
 107 sc=       3   -   A . . . . . . . 
 108 sc=       7   -   K . . . . . . . 
 109 sc=      39   -   R V K Q KaQaN I 
 110 sc=      51   -   H E N EaEaEaIbRb
 111 sc=       7   -   . P . .a.a.a.b.b
 112 sc=      51   -   Y Q M DaMaKaSbCb
 113 sc=      48   -   S S I YaSaF FbVb
 114 sc=      24   -   H Ea. . Da. .bEb
 115 sc=       2   -   . .a. . Ia. .bS 
 116 sc=       2   -   . .a. . Ia. .bG 
 117 sc=       2   -   . .a. . Qa. .bG 
 118 sc=       2   -   . .a. . Ra. .bP 
 119 sc=       2   -   . .a. . La. .bE 
 120 sc=       2   -   . .a. . Wa. .bP 
 121 sc=       0   -   . .a. . Ka. .b. 
 122 sc=       0   -   . .a. . D . .b. 
 123 sc=       0   -   . .a. . Sa. .b. 
 124 sc=       0   -   . .a. . Ga. .b. 
 125 sc=       0   -   . .a. . Ia. .b. 
 126 sc=       0   -   . .a. . Qa. .b. 
 127 sc=       0   -   . .a. . Aa. .b. 
 128 sc=       0   -   . .a. . Ca. .b. 
 129 sc=       0   -   . .a. . Fa. .b. 
 130 sc=       0   -   . .a. . Da. .b. 
 131 sc=       0   -   . .a. . R . .b. 
 132 sc=       0   -   . .a. . A . .b. 
 133 sc=       0   -   . .a. . S . .b. 
 134 sc=       0   -   . .a. . E . .b. 
 135 sc=       0   -   . .a. . Y . .b. 
 136 sc=       0   -   . .a. . Q . .b. 
 137 sc=       0   -   . .a. . L . .b. 
 138 sc=       0   -   . .a. . N . .b. 
 139 sc=       0   -   . .a. . D . .b. 
 140 sc=       0   -   . .a. . S . .b. 
 141 sc=       0   -   . .a. . Aa. .b. 
 142 sc=       0   -   . .a. . Ga. .b. 
 143 sc=       0   -   . .a. . Ya. .b. 
 144 sc=       0   -   . .a. . Ya. .b. 
 145 sc=       0   -   . .a. . La. .b. 
 146 sc=       0   -   . .a. . Sa. .b. 
 147 sc=       0   -   . .a. . Da. .b. 
 148 sc=       0   -   . .a. . La. .b. 
 149 sc=       0   -   . .a. . Ea. .b. 
 150 sc=       0   -   . .a. . Ra. .b. 
 151 sc=       0   -   . .a. . La. .b. 
 152 sc=       0   -   . .a. . V . .b. 
 153 sc=       0   -   . .a. . T . .b. 
 154 sc=       0   -   . .a. . P . .b. 
 155 sc=       0   -   . .a. . G . .b. 
 156 sc=       0   -   . .a. . Y . .b. 
 157 sc=       1   -   . .a. . V . .bG 
 158 sc=       1   -   . .a. . P . .bV 
 159 sc=       1   -   . .a. . T . .bG 
 160 sc=       2   -   . .a. . Ea. .bC 
 161 sc=       2   -   . .a. . Qa. .bAa
 162 sc=      49   -   V TaT D DaG TbGa
 163 sc=      49   -   D VaG R VaG VbRa
 164 sc=      22   -   C .a. L .aL .bGa
 165 sc=      51   -   P WaA RaLaR WbIa
 166 sc=      53   -   G RaA PaRaDaDbIa
 167 sc=      51   -   H QaQ LaS GaVbTa
 168 sc=      53   -   AaAaM SaR YaGbSa
 169 sc=      33   -   DaEa. . V .a. Ia
 170 sc=      43   -   YaKa. Y K .aG Na
 171 sc=      50   -   IaYaD P T YaQ Ma
 172 sc=      41   -   KaK G Q T I D La
 173 sc=      14   -   Na. . . . . . .a
 174 sc=      41   -   MaV A T G Q K Ea
 175 sc=      50   -   IaPbI D Ib. I Qa
 176 sc=      50   -   TaRbL VbIbA R L 
 177 sc=      14   -   .aIb. .b.b. . . 
 178 sc=      14   -   .aAb. .b.b. . . 
 179 sc=      14   -   .aFb. .b.b. . . 
 180 sc=      14   -   .aAb. .b.b. . . 
 181 sc=      14   -   .aNb. .b.b. . . 
 182 sc=       7   -   .aK . .b.b. . . 
 183 sc=       7   -   .aM . .b.b. . . 
 184 sc=       7   -   .aD . .b.b. . . 
 185 sc=       7   -   .aK . .b.b. . . 
 186 sc=       7   -   .aT . .b.b. . . 
 187 sc=       7   -   .aG . .b.b. . . 
 188 sc=      12   -   .aAa. .b.b. . . 
 189 sc=      14   -   .aDa. .b.b. . . 
 190 sc=      14   -   .aLa. .b.b. . . 
 191 sc=      14   -   .aWa. .b.b. . . 
 192 sc=      14   -   .aLa. .b.b. . . 
 193 sc=      14   -   .aVa. .b.b. . . 
 194 sc=      14   -   .aIa. .b.b. . . 
 195 sc=      14   -   .aRa. .b.b. . . 
 196 sc=      12   -   .aTa. .b.b. . . 
 197 sc=      49   -   GaMa. SbEb. P G 
 198 sc=      26   -   Aa.a. Lb.b. . . 
 199 sc=      50   -   AaQa. IbTb. LaA 
 200 sc=      51   -   QaEaV CbQbQ WaY 
 201 sc=      48   -   M R V FbFbCbRaT 
 202 sc=      48   -   D L A SbSbAbHaD 
 203 sc=      45   -   G G A L FbIbYaD 
 204 sc=      45   -   A AbT V K IbFaL 
 205 sc=      22   -   I .b. S D .b.aD 
 206 sc=      55   -   L Rb. PaLbMbQaYb
 207 sc=      51   -   V Pb. AaNbFbN Vb
 208 sc=      53   -   V Vb. SaFbDbT Fb
 209 sc=      20   -   S .b. .aRb. . .b
 210 sc=       7   -   A .b. .a.b. . .b
 211 sc=      20   -   A .b. .aMb. . .b
 212 sc=      50   -   D VbD FaFbV QbYb
 213 sc=      50   -   G MbG EaDbT GbDb
 214 sc=      50   -   P QbP NaVbS LbVb
 215 sc=      47   -   M L M VaG RaIbLb
 216 sc=      47   -   PaP P RaG VaFbG 
 217 sc=      47   -   QaI Q AaQ TaVbD 
 218 sc=      46   -   TaG T K RaYaVbV 
 219 sc=      49   -   RaR R WaSaKaDbV 
 220 sc=      42   -   EaE E YaEaN S C 
 221 sc=      46   -   HaD H PaRaVaN G 
 222 sc=      46   -   IaT I EaKaPaD G 
 223 sc=      41   -   LaFaL VaKa.a. F 
 224 sc=      41   -   LaSaL RaWa.a. A 
 225 sc=      51   -   AaGaG HaIaNaR Ma
 226 sc=      52   -   RaIaR HaHaWaEaPa
 227 sc=       0   -   .aIa. . .a.a.a.a
 228 sc=      51   -   QaDaQ C CaHaRaIa
 229 sc=      49   -   VaVaV P F RaVaRa
 230 sc=      14   -   . La. . E .a.aE 
 231 sc=      23   -   . Ra. . G .aNaG 
 232 sc=      43   -   G MaG N V DaEaK 
 233 sc=      31   -   V K V T T .aAaA 
 234 sc=      37   -   P A P P Cb.aRaQ 
 235 sc=      50   -   Y Y Y IbIbLaEaEb
 236 sc=      50   -   I T I IbIbVaEaIb
 237 sc=      50   -   V Y I LbFbRaLaYb
 238 sc=      52   -   V GbV VbIbVaMaIb
 239 sc=      14   -   . .b. .bAb. .a.b
 240 sc=      14   -   . .b. .bAb. .a.b
 241 sc=       7   -   . .b. .bL . .a.b
 242 sc=      49   -   F NbF GbS C RaVb
 243 sc=      49   -   M DbL TbA E MaAb
 244 sc=      34   -   N L N K Y N LaS 
 245 sc=      29   -   K GbK . D . AaG 
 246 sc=      36   -   V TbC LaM I E E 
 247 sc=      45   -   D DbD DaV PbD Ma
 248 sc=      42   -   M IbM .aL IbE Ma
 249 sc=      45   -   V R V LaV VbL Aa
 250 sc=      45   -   D E D RaE LbR La
 251 sc=      49   -   D IaD D D CbDbYa
 252 sc=      51   -   PaPaE D D GbAbAa
 253 sc=      53   -   EaIaE KaE NbVbAa
 254 sc=      48   -   LaP L DaV K LbNa
 255 sc=      14   -   .aE . .a. . .bNa
 256 sc=      10   -   .aEb. .a. . .bIa
 257 sc=      14   -   .aYb. .a. . .bSa
 258 sc=       0   -   .aLb. .a. . .b.a
 259 sc=      14   -   .aDb. .a. . .bKa
 260 sc=      14   -   .aQ . .a. . .bGa
 261 sc=      14   -   .aA . .a. . .bIa
 262 sc=      48   -   LaR L TaN V LbQa
 263 sc=      51   -   DaE E IaRaD VbKa
 264 sc=      53   -   LaYbL EaMaI FbYa
 265 sc=      51   -   VaHbV KaHaK AbA 
 266 sc=      26   -   .a.b. .aEa. NbK 
 267 sc=      51   -   EaEbE LaSaD KbS 
 268 sc=      48   -   MaKbM KaLaR Q G 
 269 sc=      48   -   EaLbE EaHaK D G 
 270 sc=      39   -   VaV V K LaV L V 
 271 sc=      44   -   RaE R K FaK P Rb
 272 sc=      22   -   DaV . . Na. . .b
 273 sc=      50   -   LaA E L SaAaN Lb
 274 sc=      20   -   La. . . Ia.a. .b
 275 sc=      32   -   NaA . . Ca.a. Gb
 276 sc=      25   -   QaD . . N .a. Gb
 277 sc=      46   -   YaF L T H KaA Ib
 278 sc=      32   -   E DbL . R .aM Ib
 279 sc=      46   -   F EbS P Y SaN Cb
 280 sc=      50   -   P NbQ I F IaAaNb
 281 sc=      41   -   G IbY T A V AaS 
 282 sc=      10   -   D M D . T . .a. 
 283 sc=      41   -   E L F YaT F EaR 
 284 sc=      36   -   V K P PaSb. .aK 
 285 sc=      47   -   P YaG QaIb. IaV 
 286 sc=       8   -   V La. .a.b. .a. 
 287 sc=       8   -   I Ea. .a.b. .a. 
 288 sc=       0   -   . Ga. .a.b. .a. 
 289 sc=       0   -   . Ea. .a.b. .a. 
 290 sc=       8   -   R Ea. .a.b. .a. 
 291 sc=      47   -   G PaD GaVb. TaA 
 292 sc=      50   -   S TaD LaLbH DaN 
 293 sc=      48   -   AaEa. AaFb. KaE 
 294 sc=      48   -   LaEa. MaLb. L Ya
 295 sc=      51   -   LaEaT AaNbR G Ea
 296 sc=      48   -   AaLaP KaK K L La
 297 sc=      51   -   LaVaI EaKaK H La
 298 sc=      49   -   EaAaV I DaN S Da
 299 sc=      14   -   .a.a. . Va. . .a
 300 sc=      14   -   .a.a. . Fa. . .a
 301 sc=      14   -   .a.a. . Sa. . .a
 302 sc=       2   -   .a.a. . Ea. . .a
 303 sc=       2   -   .a.a. . Ka. . .a
 304 sc=       2   -   .a.a. . Ia. . .a
 305 sc=       1   -   .a.a. . K . . .a
 306 sc=       1   -   .a.a. . K . . .a
 307 sc=       1   -   .a.a. . A . . .a
 308 sc=       1   -   .a.a. . H . . .a
 309 sc=       1   -   .a.a. . L . . .a
 310 sc=       1   -   .a.a. . S . . .a
 311 sc=       1   -   .a.a. . I . . .a
 312 sc=       1   -   .a.a. . C . . .a
 313 sc=       1   -   .a.a. . F . . .a
 314 sc=       1   -   .a.a. . P . . .a
 315 sc=       1   -   .a.a. . D . . .a
 316 sc=       0   -   .a.a. . Y . . .a
 317 sc=       0   -   .a.a. . N . . .a
 318 sc=       0   -   .a.a. . G . . .a
 319 sc=       0   -   .a.a. . P . . .a
 320 sc=       0   -   .a.a. . N . . .a
 321 sc=       1   -   .a.a. . T . . .a
 322 sc=      53   -   EaAaR G YaLbL Aa
 323 sc=      40   -   MaIa. A Ea.bR Fa
 324 sc=      46   -   HaRaG V Da.bH Aa
 325 sc=      55   -   KaKaS KbAaQbR Ka
 326 sc=      53   -   N GaA YbGaYbN Ea
 327 sc=      53   -   P TaL LbNaYbWbL 
 328 sc=      50   -   K I K EbYaDbYbG 
 329 sc=      41   -   T D A C IaI IbS 
 330 sc=      41   -   K L L S KaS QbQ 
 331 sc=      12   -   . . . . .a. .bLb
 332 sc=      14   -   . . . . .a. .bIb
 333 sc=      14   -   . . . . .a. .bHb
 334 sc=      14   -   . . . . .a. .bFb
 335 sc=      14   -   . . . . .a. .bVb
 336 sc=       7   -   . . . . .a. .bP 
 337 sc=       7   -   . . . . .a. .bR 
 338 sc=       7   -   . . . . .a. .bS 
 339 sc=      14   -   . . . . .a. .bPa
 340 sc=      14   -   . . . . .a. .bMa
 341 sc=      14   -   . . . . .a. .bVa
 342 sc=      14   -   . . . . .a. .bTa
 343 sc=       8   -   . . . . .a. .bKa
 344 sc=      49   -   R K E A VaAaAbAa
 345 sc=      17   -   . I . . Qa.a. .a
 346 sc=      49   -   G TbG L FaKaT Ea
 347 sc=      49   -   E PbD T LaSaC Ia
 348 sc=      34   -   N VbA Q E N A N 
 349 sc=      38   -   EaFbE R L Y T K 
 350 sc=      38   -   WaLbW G N N S Q 
 351 sc=      18   -   .aG . . M F . T 
 352 sc=      48   -   VaS E LaR EaG Va
 353 sc=      48   -   DaAaA KaR KaD Ia
 354 sc=      48   -   KaLaK TaD PaG Ea
 355 sc=      49   -   IaKaI VaV FaLaYa
 356 sc=      14   -   .aN . .aK .a.aD 
 357 sc=      16   -   .aKa. .a. .a.aP 
 358 sc=       0   -   .a.a. .a. .a.aT 
 359 sc=      16   -   .aGa. .a. .a.aC 
 360 sc=      49   -   WaVaL FaE LaYaEa
 361 sc=      49   -   EaQaE DaI WaEaQa
 362 sc=      40   -   .aLa. .aYb.aGaAa
 363 sc=      50   -   LaLaL EaSbLaLaEa
 364 sc=      46   -   LaLaA .aHb.aDaEa
 365 sc=      46   -   DaDaG .aMb.aWaYa
 366 sc=      14   -   .a.a. .aTb.a.a.a
 367 sc=       7   -   .a.a. .aC .a.a.a
 368 sc=       7   -   .a.a. .aA .a.a.a
 369 sc=       7   -   .a.a. .aT .a.a.a
 370 sc=       7   -   .a.a. .aD .a.a.a
 371 sc=       6   -   .a.a. .aTa.a.a.a
 372 sc=      14   -   .a.a. .aQa.a.a.a
 373 sc=      14   -   .a.a. .aNa.a.a.a
 374 sc=      14   -   .a.a. .aVa.a.a.a
 375 sc=      14   -   .a.a. .aKa.a.a.a
 376 sc=      48   -   AaAaF AaFaAaLaRa
 377 sc=      48   -   IaVaL IaVaRaSaEa
 378 sc=      48   -   DaVaD RaFaKaNaLa
 379 sc=      48   -   EaDaS AaDaLaQaAa
 380 sc=      46   -   YaYaY VaAa.a.aRa
 381 sc=      39   -   I L I L VaIaLaKa
 382 sc=      36   -   P P P C TaG RaVa
 383 sc=      14   -   . . . . .a. .aDa
 384 sc=      34   -   T S E P DaD NaAa
 385 sc=      26   -   P P P P IaP Q N 
 386 sc=      26   -   . L E . Ia. . E 
 387 sc=      20   -   V D R P I N K L 

