Filename: ref2/test/1aboA_ref2.msf
Score details:
Alignment: ref2/test/1aboA_ref2.msf Score (DiffScore)= 1681
   0 sc=       0   -   . . . . . . . . . R . . . . . 
   1 sc=       1   -   . . . . . . . . . R . . . . . 
   2 sc=       0   -   . . . . . . . . . S . . . . . 
   3 sc=       1   -   . . . . . . . . . F . . . . . 
   4 sc=       1   -   . . . . . . . . . Q . . . . . 
   5 sc=       1   -   . . . . . . . . . E . . . . . 
   6 sc=       2   -   . T . . . G . . . P . . . . . 
   7 sc=      50   -   . A . AaG S G G EaE . Ea. Gb. 
   8 sc=      70   -   . G MaE S P K T D E . T KaYb. 
   9 sc=      89   -   N K E Y T T EbE I T AaK GaQbN 
  10 sc=      85   -   LbI A V YbF LbC I L L F VaYbFb
  11 sc=      10   -   .b. . . .bK .b. . . . . .b.b.b
  12 sc=      13   -   .b. . . .bC .b. . . . . .b.b.b
  13 sc=      14   -   .b. . . .bA .b. . . . . .b.b.b
  14 sc=      75   -   FbFb. . VbV Vb. V V F V Ib.b.b
  15 sc=      20   -   VbRbI R QbK LbI V I V Q YbRb.b
  16 sc=      28   -   AbAbA A AbA AbA A A A A A AbRb
  17 sc=      28   -   L MbK L L L L K L LbL L L LbVb
  18 sc=      28   -   Y Y Y F FbF Y Y Y YbY F W Y Yb
  19 sc=      17   -   D DbD D DbD D N D DbD D D D .b
  20 sc=      28   -   F YbF F FbY Y F Y YbY F Y Y Yb
  21 sc=      28   -   V MbK N DbK Q H E QbE N E K Rb
  22 sc=      16   -   A AbA G P A E G A TbA P P K D 
  23 sc=      15   -   S A T N Q Q K T I NbI Q Q E S 
  24 sc=      14   -   G D A D E R S A H D T E N R R 
  25 sc=      14   -   D A D E D E P E H P E S D E D 
  26 sc=       0   -   N D D E G D R Q E Q D G D E . 
  27 sc=       0   -   T E E D E E E D D E D E E D . 
  28 sc=       0   -   L V L L L L V L L LbL L L I . 
  29 sc=       0   -   S SbS P GbT T P S AbS A P D P 
  30 sc=       0   -   I FbF F FbF M F F LbF F M L V 
  31 sc=       0   -   T KbK K RbI K C Q RbH K K H Wb
  32 sc=       0   -   K DbR K R K K K K CbK R E L Kb
  33 sc=       0   -   G G G G G S G G G D G G G G Gb
  34 sc=       0   -   E D D D DbA D D D E E D D D Pb
  35 sc=       0   -   KbAbI I FbI IbV Q E K V CbIbAb
  36 sc=       0   -   LbIbL L IbI LbL M Y F I MbLbKb
  37 sc=       0   -   RbIbK R HbQ TbT V YbQ T TbTbLb
  38 sc=       0   -   VbN V I VbN LbI V LbI L I VbLb
  39 sc=       0   -   LbV L R M V LbV L LbL I I NbWb
  40 sc=       0   -   GbQbN D DbE NbA E DbN N H KaKb
  41 sc=      39   -   .b.b. . .b. . . . .b. . R Ga. 
  42 sc=      36   -   .b.b. . .b. . . . .b. . E Sa. 
  43 sc=       6   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . La. 
  44 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . Va. 
  45 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . Aa. 
  46 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . La. 
  47 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . G . 
  48 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . F . 
  49 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . S . 
  50 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . D . 
  51 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . G . 
  52 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . Qa. 
  53 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . Ea. 
  54 sc=       0   -   .b.b. . .b. . . . .b. . . Aa. 
  55 sc=      63   -   Yb.bE K .b. . V E .bS . D R . 
  56 sc=     102   -   N AbE P NbK S T S SbS K E PaG 
  57 sc=      98   -   H IbC E S Q T K . S E D D EaE 
  58 sc=      41   -   N D D E D E N D . E . D E EaG 
  59 sc=      42   -   G E Q Q P G K P G I G P I IaAb
  60 sc=      41   -   E G N . N G D N E H D N E G Vb
  61 sc=      28   -   WbWbW W WbW WbW W WbW W WbWbVb
  62 sc=      28   -   CbMbY W WbW WbY W WbW W WbLbIb
  63 sc=      28   -   EbYbK N KbR KbK K RbE E WbNbQb
  64 sc=      41   -   AbGbA . GbG VbA A VbA G AbGbD 
  65 sc=      98   -   QbTb. A .b. .b. R QbR . .bYb. 
  66 sc=      90   -   .bVbE E .b. .bK S . S . .bNb. 
  67 sc=     104   -   .bQ L D AbD EbN L D L Q RbE . 
  68 sc=      98   -   TbR N S CbY VbK A K T L LbT . 
  69 sc=      14   -   K T . E H G N V T N T N N T N 
  70 sc=       0   -   N G G G G G D G R G G N D G S 
  71 sc=       0   -   GbRbK K QbK RbR K H E R KbEbD 
  72 sc=       0   -   QbTbD R TbK QbE E EbT R EbRbIb
  73 sc=       0   -   GbGbG G GbQ GbG G GbG G GbGbKb
  74 sc=      22   -   WbMbF M MbL FbI Y YbY I YbDbVb
  75 sc=      14   -   .b.b. . .bW .b. . .b. . .b.b.b
  76 sc=       0   -   VbLbI I FbF VbI I AbI F VbFbVb
  77 sc=       0   -   PbPbP P PbP PbP P P P P PbPbPb
  78 sc=       0   -   SaAaK V RaS AaA S SaS S RaGaRa
  79 sc=       0   -   NaNaN P NaN AaN N SaN N NaTaRa
  80 sc=       0   -   YaYaY Y YaY YaY Y YaY Y LaYaKa
  81 sc=       0   -   IbVbI V VbV V V V LaV V L VbAb
  82 sc=       0   -   TbEbE E TbE K Q A VaA C G EbKb
  83 sc=       0   -   PbAbM K PbE K K R E P P L YbIb
  84 sc=       0   -   V IbK Y V M L R V K V Y Y IbIb
  85 sc=       0   -   N . P . . V . . D S . . P GbRb
  86 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . RbD 
  87 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Kb. 
  88 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . Kb. 
  89 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . I . 
  90 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . S . 
  91 sc=       0   -   . . . . . . . . . . . . . P . 

