Filename: ref5/test/1eft_ref5.msf
Score details:
Alignment: ref5/test/1eft_ref5.msf Score (DiffScore)= 7888
   0 sc=       1   -   . . . . . . G . 
   1 sc=       8   -   . . . . . . Na. 
   2 sc=       8   -   . . . . . . Ia. 
   3 sc=       8   -   . . . . . . Fa. 
   4 sc=       9   -   . M . . . . Aa. 
   5 sc=       9   -   A A . . . . Na. 
   6 sc=       9   -   K V . . . . La. 
   7 sc=       9   -   G K . . . . Fa. 
   8 sc=       9   -   E V . . . . Ka. 
   9 sc=       9   -   F E . . . . Ga. 
  10 sc=       2   -   I Y . . . . L . 
  11 sc=       6   -   R D . Gb. . F . 
  12 sc=       0   -   T La. S . . G . 
  13 sc=       0   -   K Ka. P A Q K . 
  14 sc=       0   -   P Ra. QbR VbK . 
  15 sc=       0   -   H Lb. AbT QbE M 
  16 sc=       0   -   V RbV IbVbFbMbRb
  17 sc=       0   -   N NbN KbKbKbRbQb
  18 sc=       0   -   V IbV CbLbLbIbVb
  19 sc=       0   -   G GbG VbLbVbLbAb
  20 sc=       0   -   T IbT VbLbLbMbIb
  21 sc=       0   -   I AbI VbLbVbVbYb
  22 sc=       0   -   G AbG G G GbGbGb
  23 sc=       0   -   H H H D A D L K 
  24 sc=       0   -   V I V G G G D G 
  25 sc=       0   -   D D D A E G A G 
  26 sc=       0   -   H A H V S T A I 
  27 sc=       0   -   G G G G G G GaG 
  28 sc=       0   -   KaKaK KaKaKaKaKa
  29 sc=       0   -   TaTaT TaSaTaTaSa
  30 sc=       0   -   TaTaT CaTaTaTaTa
  31 sc=       0   -   LaTaL LaIaFaIaTa
  32 sc=       0   -   TaTaT LaVaVaLaTa
  33 sc=       0   -   AaEaA IaKaKaYaQa
  34 sc=       0   -   AaRaA SaQaRaKaNa
  35 sc=       0   -   LaIaI YaMaH LaLa
  36 sc=       0   -   TaLaT TaKaLaKaTa
  37 sc=       0   -   FaYaT TaIaTaL Sa
  38 sc=      30   -   .a.aV N IaGaG Ga
  39 sc=      36   -   .a.aL A HaEaEbLa
  40 sc=      56   -   Va.a. F Q FaIbHa
  41 sc=      52   -   Ta.a. P D . .bAa
  42 sc=      24   -   .a.a. G G . .bMa
  43 sc=      10   -   .a.a. . Y . .bG 
  44 sc=       8   -   .a.a. . S . .bK 
  45 sc=      15   -   .a.a. . La. .bT 
  46 sc=      24   -   .a.a. . Ea. .bIb
  47 sc=      16   -   .a.a. . Ea. .bMb
  48 sc=      16   -   .a.a. . Ca. .bVb
  49 sc=       8   -   .a.a. . La. .bVb
  50 sc=       8   -   .a.a. . Ea. .bGb
  51 sc=       8   -   .a.a. . Fa. .bCb
  52 sc=       5   -   .a.a. . Ia. .bD 
  53 sc=       5   -   .a.a. . Aa. .bP 
  54 sc=       5   -   .a.a. . Ia. .bK 
  55 sc=       5   -   .a.a. . Ia. .bA 
  56 sc=       5   -   .a.a. . Ya. .bD 
  57 sc=       5   -   .a.a. . Ga. .bS 
  58 sc=       5   -   .a.a. . Na. .bT 
  59 sc=       8   -   .a.a. . Ta. .bRa
  60 sc=       8   -   .a.a. . La. .bLa
  61 sc=       8   -   .a.a. . Qa. .bLa
  62 sc=       8   -   .a.a. . Sa. .bLa
  63 sc=       5   -   .a.a. . Ia. .bG 
  64 sc=       0   -   .a.a. . La. .bG 
  65 sc=       0   -   .a.a. . Aa. .bL 
  66 sc=       0   -   .a.a. . Ia. .bA 
  67 sc=       0   -   .a.a. . Va. .bQ 
  68 sc=       0   -   .a.a. . Ra. .bK 
  69 sc=       0   -   .a.a. . Aa. .bS 
  70 sc=       0   -   .a.a. . Ma. .bVa
  71 sc=       0   -   .a.a. . Ta. .bLa
  72 sc=       0   -   .a.a. . Ta. .bDa
  73 sc=       0   -   .a.a. . L . .bTa
  74 sc=       0   -   .a.a. . N . .bLa
  75 sc=       0   -   .a.a. . I . .bRa
  76 sc=       0   -   .a.a. . Q . .bEa
  77 sc=       0   -   .a.a. . Y . .bEa
  78 sc=       0   -   .a.a. . G . .bGa
  79 sc=       0   -   .a.a. . D . .bEa
  80 sc=       0   -   .a.a. . S . .bDa
  81 sc=       0   -   .a.a. . A . .bV 
  82 sc=       0   -   .a.a. . Ra. .bE 
  83 sc=       0   -   .a.a. . Qa. .bLa
  84 sc=       0   -   .a.a. . Da. .bDa
  85 sc=       0   -   .a.a. . Da. .bSa
  86 sc=       0   -   .a.a. . Aa. .bIa
  87 sc=       0   -   .a.a. . Ra. .bL 
  88 sc=       0   -   .a.a. . Ka. .bK 
  89 sc=       0   -   .a.a. . La. .bE 
  90 sc=       0   -   .a.a. . Ma. .bG 
  91 sc=       0   -   .a.a. . Ha. .bYa
  92 sc=       0   -   .a.a. . Ma. .bGa
  93 sc=       0   -   .a.a. . A . .bGa
  94 sc=       0   -   .a.a. . D . .bI 
  95 sc=       0   -   .a.a. . T . .bRb
  96 sc=       0   -   .a.a. . I . .bCb
  97 sc=       0   -   .a.a. . E . .bVb
  98 sc=       0   -   .a.a. . E . .bEb
  99 sc=       0   -   .a.a. . G . .bS 
 100 sc=       0   -   .a.a. . T . .bG 
 101 sc=       0   -   .a.a. . M . .bG 
 102 sc=       0   -   .a.a. . P . .bP 
 103 sc=       0   -   .a.a. . Ka. .bE 
 104 sc=       4   -   .a.a. . Ea. .bP 
 105 sc=       4   -   .a.a. . Ma. .bG 
 106 sc=       4   -   .a.a. . Sa. .bV 
 107 sc=       4   -   .a.a. . Da. .bG 
 108 sc=       4   -   .a.a. . Ia. .bC 
 109 sc=       4   -   .a.a. . Ia. .bAa
 110 sc=       4   -   .a.a. . Qa. .bGa
 111 sc=       4   -   .a.a. . Ra. .bRa
 112 sc=       0   -   .a.a. . La. .b.a
 113 sc=       0   -   .a.a. . Wa. .b.a
 114 sc=       0   -   .a.a. . Ka. .b.a
 115 sc=       0   -   .a.a. . D . .b.a
 116 sc=       0   -   .a.a. . Sa. .b.a
 117 sc=       0   -   .a.a. . Ga. .b.a
 118 sc=       0   -   .a.a. . Ia. .b.a
 119 sc=       0   -   .a.a. . Qa. .b.a
 120 sc=       0   -   .a.a. . Aa. .b.a
 121 sc=       0   -   .a.a. . Ca. .b.a
 122 sc=       0   -   .a.a. . Fa. .b.a
 123 sc=       0   -   .a.a. . Da. .b.a
 124 sc=       0   -   .a.a. . R . .b.a
 125 sc=       0   -   .a.a. . A . .b.a
 126 sc=       0   -   .a.a. . S . .b.a
 127 sc=       0   -   .a.a. . E . .b.a
 128 sc=       0   -   .a.a. . Y . .b.a
 129 sc=       0   -   .a.a. . Q . .b.a
 130 sc=       0   -   .a.a. . L . .b.a
 131 sc=       0   -   .a.a. . N . .b.a
 132 sc=       0   -   .a.a. . D . .b.a
 133 sc=       0   -   .a.a. . S . .b.a
 134 sc=       0   -   .a.a. . Aa. .b.a
 135 sc=       0   -   .a.a. . Ga. .b.a
 136 sc=       0   -   .a.a. . Ya. .b.a
 137 sc=       0   -   .a.a. . Ya. .b.a
 138 sc=       0   -   .a.a. . La. .b.a
 139 sc=      28   -   Aa.a. . Sa. .b.a
 140 sc=      28   -   Aa.a. . Da. .b.a
 141 sc=      24   -   Ea.a. . La. .b.a
 142 sc=       9   -   N .a. . Ea. .b.a
 143 sc=       8   -   P .a. . Ra. .b.a
 144 sc=       7   -   N .a. . La. .b.a
 145 sc=       4   -   V .a. . V . .b.a
 146 sc=       3   -   E .a. . T . .b.a
 147 sc=       3   -   V .a. . P . .b.a
 148 sc=       2   -   K .a. . G . .b.a
 149 sc=       2   -   D .a. . Y . .b.a
 150 sc=       8   -   Ya.a. . V . .b.a
 151 sc=       9   -   Ga.a. . P . .b.a
 152 sc=       8   -   Da.a. . . . .b.a
 153 sc=       8   -   Ia.a. . . . .b.a
 154 sc=       9   -   Da.a. . T . .b.a
 155 sc=      19   -   K .a. . EaE .b.a
 156 sc=      18   -   A .a. . QaK .b.a
 157 sc=      36   -   Pa.a. . DaKb.b.a
 158 sc=      66   -   Ea.a. E VaYbVb.a
 159 sc=      61   -   Ea.a. Y LaVbTb.a
 160 sc=      61   -   Ra.a. I RaA TbGa
 161 sc=      67   -   Aa.aA P S T IbIa
 162 sc=      67   -   Ra.aK T R L PbIa
 163 sc=      38   -   G .aT V V G T Ta
 164 sc=      81   -   I YaY F K VbI Sa
 165 sc=      79   -   T TaT D T EbG Ia
 166 sc=      73   -   I G I NbT VbFbNa
 167 sc=      73   -   N R N YbG HbNbMa
 168 sc=      78   -   T A T SbIbPbVbLa
 169 sc=      78   -   A A S AbIbLbEbEa
 170 sc=      78   -   H V H NbEbVbTbQa
 171 sc=      69   -   V T V VbTbFbVbL 
 172 sc=      69   -   E T E MbQbHbEbG 
 173 sc=      69   -   Y C Y VbFbTbYbA 
 174 sc=      39   -   E F D D SbN K Y 
 175 sc=      42   -   T W T G FbR N T 
 176 sc=      72   -   A K P KbK GbIbD 
 177 sc=      13   -   K D T PbD Pb.bD 
 178 sc=      16   -   R H R VbLbIb.bL 
 179 sc=       0   -   H R H NbNbKbSbD 
 180 sc=       0   -   Y I Y LbFbFbFbYb
 181 sc=       0   -   S N A GbRbNbTbVb
 182 sc=       0   -   H I H LbMbVbVbFb
 183 sc=       0   -   V I V WbFbWbWbYb
 184 sc=       0   -   D D D D DbDbDbDb
 185 sc=       0   -   C T C T VbTbVbVb
 186 sc=       0   -   P P P A G A GbLb
 187 sc=       0   -   G G G G G G G G 
 188 sc=       0   -   H H H Q Q QaQ D 
 189 sc=       0   -   AaV A EaRaEaD V 
 190 sc=       0   -   DaD D DaSaKaK V 
 191 sc=       0   -   YaF Y YaEaF I C 
 192 sc=       0   -   IaT V D RaG R G 
 193 sc=       0   -   KaI K R KaG P G 
 194 sc=       0   -   NaE N L KaL LaF 
 195 sc=       0   -   MaV M RaWaR WaA 
 196 sc=       0   -   IaE I PaIaDaRaMa
 197 sc=       0   -   TaR T LaHaGaHaPa
 198 sc=       0   -   GaSbG SaCaYaYaIa
 199 sc=       0   -   AaMbA Y F YaFaRa
 200 sc=       0   -   AaRbA P E I QaE 
 201 sc=      13   -   QaVbQ Q G Q N G 
 202 sc=      10   -   M LbM T V A T K 
 203 sc=      13   -   D DbD D T Q QbA 
 204 sc=      31   -   G G G Vb. CbGbQ 
 205 sc=      24   -   . . . .bCb.b.b. 
 206 sc=       0   -   A A A SbIbAbLbEb
 207 sc=       0   -   I IbI LbIbIbIbIb
 208 sc=       0   -   L VbL IbFbIbFbYb
 209 sc=       0   -   V VbV CbIbMbVbIb
 210 sc=       0   -   V FbV FbAbFbVbVb
 211 sc=       0   -   S DbA SbAbDbDbAb
 212 sc=       0   -   A SbA L L V S S 
 213 sc=       7   -   A S T V . T N G 
 214 sc=       7   -   D Q D S S S D E 
 215 sc=      63   -   G G G PaA RaR Ma
 216 sc=      79   -   P V P AaY VaEaMa
 217 sc=      76   -   . . . SaD TaRaAa
 218 sc=      43   -   M E M FaM YaVaLa
 219 sc=      46   -   PaP P EaV KaNaYa
 220 sc=      43   -   QaQ Q NaL N EaAa
 221 sc=      46   -   TaS T VaV VaAaAa
 222 sc=      49   -   RaEaR RaE PaRaNa
 223 sc=      49   -   EaTaE AaD NaEaNa
 224 sc=      75   -   HaVaH K D WaEaIa
 225 sc=      81   -   IaWaI WaE HaLaSa
 226 sc=      81   -   LaRaL YaV RaMaKa
 227 sc=      52   -   .a.a. .aN .aRaGa
 228 sc=      56   -   .a.a. .aRa.aMaIa
 229 sc=      52   -   .a.a. .aMa.aLaQa
 230 sc=      24   -   .a.a. .aHa.a.a.a
 231 sc=      28   -   .a.a. .aEa.a.a.a
 232 sc=      28   -   .a.a. .aSa.a.a.a
 233 sc=      28   -   .a.a. .aLa.a.a.a
 234 sc=      28   -   .a.a. .aHa.a.a.a
 235 sc=      28   -   .a.a. .aLa.a.a.a
 236 sc=      28   -   .a.a. .aFa.a.a.a
 237 sc=      20   -   .a.a. .aNa.a.a.a
 238 sc=      28   -   .a.a. .aSa.a.a.a
 239 sc=      52   -   .a.a. PaIa.a.a.a
 240 sc=      84   -   .a.a. EaCaDa.aKa
 241 sc=      88   -   LaQaL VaN LaAaYa
 242 sc=      73   -   AaAaG RaH VaE A 
 243 sc=      72   -   RaEaR HaR RaD K 
 244 sc=      72   -   QaKaQ HaY VaE S 
 245 sc=      56   -   VaYaV C F C L G 
 246 sc=      15   -   G K G P A E R G 
 247 sc=      24   -   V V V N T N DbV 
 248 sc=      42   -   P PbP T T I AbRb
 249 sc=      70   -   Y RbY P SbPbVbLb
 250 sc=      28   -   I IbI IbIbIbLbGb
 251 sc=      22   -   V .bI IbVbVbLbGb
 252 sc=       0   -   V AbV LbLbLbVbIb
 253 sc=       0   -   F FbF VbFbCbFbIb
 254 sc=       0   -   M AbL GbLbGbAbCb
 255 sc=       0   -   N NbN TbNbNbNbNb
 256 sc=       0   -   K K K K K K KbS 
 257 sc=       0   -   V M C LaKaV Q R 
 258 sc=       0   -   D D D DaDaD D K 
 259 sc=       0   -   M K M LaVaI L V 
 260 sc=       0   -   V T V RaFaK P A 
 261 sc=       0   -   D G D D SaD N N 
 262 sc=      60   -   D AaD D EaR A E 
 263 sc=      90   -   PaDaE KaKaK M Ya
 264 sc=      90   -   EaLaE DaIaV N Ea
 265 sc=      87   -   LaWaL TaK K AaLa
 266 sc=      93   -   LaLaL IaK AaAaLa
 267 sc=      93   -   DaVaE EaA KaEaDa
 268 sc=      93   -   LaIaL KaH SaIaAa
 269 sc=      93   -   VaRaV LaL IaTaFa
 270 sc=      78   -   EaTaE .aS V DaAa
 271 sc=      82   -   MaMaM .aI F KaKa
 272 sc=      66   -   EaQaE .a. H L Ea
 273 sc=      38   -   .aEa. .a. R G . 
 274 sc=      18   -   .aR . .a. K L . 
 275 sc=       9   -   .aL . .a. . H . 
 276 sc=       9   -   .aG . .a. . S . 
 277 sc=      67   -   VaAbV Ka. . L L 
 278 sc=      61   -   RaRbR Ea. . R G 
 279 sc=      47   -   DaPbE K . . H S 
 280 sc=      15   -   .aVb. . . . . Q 
 281 sc=      32   -   .aVb. . . . . Lb
 282 sc=      60   -   LaMbL K C . . Ib
 283 sc=      60   -   LaQbL L F . . Hb
 284 sc=      51   -   NaL S T P . . Fb
 285 sc=      46   -   Qa. Q P D . . Vb
 286 sc=      28   -   Ya. Y I Y . . P 
 287 sc=      13   -   . . . T N . . R 
 288 sc=      34   -   . . . YaG . . S 
 289 sc=      57   -   E P D PaP . . Pa
 290 sc=      57   -   F I F QaN . . Ma
 291 sc=      58   -   P G P GaT . . Va
 292 sc=      54   -   G R G .aYa. . Ta
 293 sc=      50   -   D E D .aEa. . Ka
 294 sc=      46   -   E D D .aDa. . Aa
 295 sc=      48   -   V T T .aAa. . Ea
 296 sc=      36   -   . Fa. .aGa. . Ia
 297 sc=      33   -   . Sa. .aNa. . N 
 298 sc=      44   -   P GaP .aYa. . . 
 299 sc=      44   -   V IaI .aIa. . . 
 300 sc=      18   -   I IaV .a.a. . . 
 301 sc=      18   -   R DaR .a.a. . . 
 302 sc=      18   -   G VaG .a.a. . . 
 303 sc=      18   -   S LaS .a.a. . . 
 304 sc=      33   -   AaRaA .a.a. . . 
 305 sc=      33   -   LaMaL .a.a. . . 
 306 sc=      30   -   LaK K .a.a. . . 
 307 sc=      30   -   AaA A .a.a. . . 
 308 sc=       0   -   .aY . .a.a. . . 
 309 sc=       0   -   .aT . .a.a. . . 
 310 sc=       0   -   .aY . .a.a. . . 
 311 sc=       0   -   .aGb. .a.a. . . 
 312 sc=       0   -   .aNb. .a.a. . . 
 313 sc=       0   -   .aDb. .a.a. . . 
 314 sc=       0   -   .aL . .a.a. . . 
 315 sc=       0   -   .aGb. .a.a. . . 
 316 sc=       0   -   .aTb. .a.a. . . 
 317 sc=       0   -   .aDb. .a.a. . . 
 318 sc=       0   -   .aIb. .a.a. . . 
 319 sc=       0   -   .aR . .a.a. . . 
 320 sc=       0   -   .aE . .a.a. . . 
 321 sc=       0   -   .aIa. .a.a. . . 
 322 sc=       0   -   .aPa. .a.a. . . 
 323 sc=       0   -   .aIa. .a.a. . . 
 324 sc=       0   -   .aP . .a.a. . . 
 325 sc=       0   -   .aE . .a.a. . . 
 326 sc=       0   -   .aEb. .a.a. . . 
 327 sc=       0   -   .aYb. .a.a. . . 
 328 sc=      23   -   LaLbL .a.a. . . 
 329 sc=      17   -   EaDbE .a.a. . . 
 330 sc=       0   -   .aQ . .a.a. . . 
 331 sc=       0   -   .aA . .a.a. . . 
 332 sc=       0   -   .aR . .a.a. . . 
 333 sc=       0   -   .aE . .a.a. . . 
 334 sc=       8   -   EaYb. .a.a. . . 
 335 sc=       8   -   MaHb. .a.a. . . 
 336 sc=      12   -   HaEb. .a.a. . K 
 337 sc=      12   -   KaKb. .a.a. . Q 
 338 sc=       9   -   N Lb. .a.a. . T 
 339 sc=       9   -   P V . .a.a. . Va
 340 sc=       9   -   K E . .a.a. . Ia
 341 sc=       9   -   T V . .a.a. . Ea
 342 sc=      13   -   K A . .a.a. . Ya
 343 sc=       5   -   R A . .a.a. . D 
 344 sc=       5   -   G D G .a.a. . P 
 345 sc=       5   -   E F D .a.a. . T 
 346 sc=      12   -   N DbA .a.a. . C 
 347 sc=      12   -   EaEbE .a.a. . Ea
 348 sc=      12   -   WaNbW .a.a. . Qa
 349 sc=      21   -   VaIbE .a.a. . Aa
 350 sc=       0   -   .aM . .a.a. . .a
 351 sc=       0   -   .aL . .a.a. . .a
 352 sc=       0   -   .aK . .a.a. . .a
 353 sc=       0   -   .aYa. .a.a. . .a
 354 sc=       0   -   .aLa. .a.a. . .a
 355 sc=       0   -   .aEa. .a.a. . .a
 356 sc=       0   -   .aGa. .a.a. . .a
 357 sc=       0   -   .aEa. .a.a. . .a
 358 sc=       0   -   .aEa. .a.a. . .a
 359 sc=       0   -   .aPa. .a.a. . .a
 360 sc=       0   -   .aTa. .a.a. . .a
 361 sc=       0   -   .aEa. .a.a. . .a
 362 sc=       0   -   .aEa. .a.a. . .a
 363 sc=      28   -   .aEa. .aKa. . .a
 364 sc=      28   -   .aLa. .aVa. . .a
 365 sc=      24   -   .aVa. .aQa. . .a
 366 sc=      28   -   .aAa. .aFa. . .a
 367 sc=      24   -   .aAa. .aLa. . .a
 368 sc=       9   -   .aIa. .aE . . .a
 369 sc=      36   -   .aRa. LaL . . .a
 370 sc=      35   -   .aKa. AaN . . .a
 371 sc=      35   -   .aGa. MaM . . .a
 372 sc=      34   -   .aTa. AaR . . .a
 373 sc=      27   -   .aI . KaR . . .a
 374 sc=      27   -   .aD . EaD . . .a
 375 sc=      11   -   .aL . I V . . .a
 376 sc=      14   -   .aK . G K K R .a
 377 sc=      19   -   .aI . A E N N .a
 378 sc=      66   -   .aTb. V I LbWb.a
 379 sc=      84   -   .aPb. KbYbQbYb.a
 380 sc=      84   -   .aVb. YbSbYbIb.a
 381 sc=      84   -   .aFb. LbHbYbQb.a
 382 sc=      84   -   .aLb. EbMbDbAb.a
 383 sc=      36   -   .aG . C TbI T .a
 384 sc=      21   -   .aS . S C S C .a
 385 sc=      57   -   .aAa. A A AaA .a
 386 sc=      74   -   .aLa. L T KaT Ea
 387 sc=      74   -   .aKa. T D SaS Ea
 388 sc=      64   -   .aN . Q TaN G Ya
 389 sc=      28   -   DaKaA R QaY D Ra
 390 sc=      28   -   KaGaK G NaN G Ea
 391 sc=      28   -   IaVaI LaVaF LaLa
 392 sc=      28   -   WaQaL KaKaEaYaAa
 393 sc=      28   -   EaLaE TaFaKaEaRa
 394 sc=      28   -   LaLaL VaVaPaGaKa
 395 sc=      28   -   LaLaA FaFaFaLaVa
 396 sc=      28   -   DaDaG DaDaLaDaDa
 397 sc=      28   -   AaAaF EaAaWaWaAa
 398 sc=      25   -   IaVaL AaVaLaLaN 
 399 sc=      25   -   DaVaD IaTaAaSaE 
 400 sc=      25   -   EaDaS RaDaRaNaL 
 401 sc=      25   -   YaYaY AaIaKaQa. 
 402 sc=      19   -   I L I VaIaLaLa. 
 403 sc=      13   -   P P P L I IaRa. 
 404 sc=       0   -   T S E C . G Na. 
 405 sc=       0   -   P P P P . D Q . 
 406 sc=       0   -   V L E P . P K . 
 407 sc=       0   -   . D R P . N . . 

